GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する
イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが…
ポリプテルスの寄生虫、ポリプティの駆除薬
研究室で飼育しているポリプテルスにポリプティ(種同定は行っていないが、他の魚への寄生が見られないことから)が発生した。 ネットで調べると「リフィッシュ」が良いとのことでリフィッシュを買おうとしたが2023年現在既に廃盤となり、入手困難である。今回は運良く近所の店に最後の1つがあったが、今は手に入らな…
codemlのCodonFreqの選択について
選択圧(淘汰圧)を解析するためにPAMLのcodemlがよく使われる。 いくつか日本語でも解説が書かれており、それに従って使っていることが多かったが、CodonFrequencyについての記述は日英共に解説が少ない。どうやって選択すべきか調べていたが、灯台もと暗しで知人がきちんと統計的なモデル選択の…
NCBI のAPIで”API rate limit exceeded”と出る
NCBIのAPIでFASTAなどを取得するツールを作っているのだが、非同期処理を導入して大量に並列取得をしようとしたところ”API rate limit exceeded”とエラーが出ていることが判明した。 ググると以下のページのように、アクセス制限が存在することが明らかにな…
bioawk で multiple FASTA の配列長を取得
参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。 そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。 で、仮想環境上にインストール。 で、出力してくれる。 全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って…
配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について
バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…
FASTAのヘッダ(名前)の行だけ抽出
2年ぶり再訪！ 進化したカワスイ
以前カワスイ(川崎水族館)のオープン初日に行ったというレビューを書いた。後輩に「めちゃ書くやん」と言われて読み返すとたしかに……。しかも最後に「再訪する」と書きながらもなんやかんやで2年近くが経過してしまっていた。今回再び訪れる機会があったのでレビューをしたいと思う。 オープン初日は長蛇の列→空いて…
学振とJST次世代等の助成金の確定申告
毎年この季節になると確定申告でざわつくが、学振と今年度から始まった次世代研究者挑戦的研究プログラム(JST次世代)とでは確定申告や税に関する申告が異なるので要注意。 簡単に書き留めておく。 学振(日本学術振興会特別研究員DC1/2, PD) 雇用関係はないものの、しっかりと源泉徴収されている。給与所…
脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か？
タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit…
