系統樹の見方をわかりやすく解説

(2020/05/02: 無根系統樹およびその他記号の解説を追記) マニアックな記事が続いているが、本サイトの目的の一つに「一般社会に向けた進化生物学啓蒙活動」があるので何か書いておこうと思いたち、今回は系統樹の読み方・見方について解説を行うことにした。 よく博物館などに行くと必ずと行っていいほど生…

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PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする

これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…

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SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~

前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…

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現生最古の両生類 アシナシイモリのゲノムが相次いで公開される

今年,2019年にはいって「アシナシイモリ」こと Caecilian のゲノムが相次いで3種も公開されている. これらは現在NCBI(National Center for Biotechnology Information)で利用可能な状態で公開されている. これまでの両生類ゲノムの惨状 これまで…

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MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04

今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし,最尤法を用いた系統樹推定を行いたい. タイトルにもある通り,今回はUbuntuを扱って解析を行う.mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので. 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9欲しい、R…

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ヒトと他の動物は交尾し、子孫を残せるのか

前のこういう記事、『なぜ動物の交尾はバックばかり?~魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで~』のアクセス数がなぜか伸びている中、同じく検索欄にも不穏な検索ワードが増えている。 “ヒトと動物 交尾” しばらくは見なかったことにしていた。 確かに世の中は広く、そういう性的嗜好の人間が…

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