参考: Sequence length from Fasta
マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。
そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。
$ conda install bioawk
で、仮想環境上にインストール。
$ bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa
で、出力してくれる。
全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞ってやれば良い。
$ bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa | head -n 20
$ bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa | tail -n 20
