基礎生物系博士課程の感想〜課題と今後の展望〜 Kim 2024年3月16日 2024年3月17日思ったこと, 日記 0 基礎生物系の博士課程を今年ようやく終える。本RTAのレギュレーションは でした。完走した感想ですが(激寒)色々と失ったものも多いのでぼやきとして書き残しておきます。短縮する余地は大いにあって、まず今年が閏年だったので一日ロスしているのと、早期卒業制度があるのでもっと早く馬車馬のように働いて成果出して… Continue reading
「最も古い」現生動物は何か?― カイメンとクシクラゲ論争 Kim 2024年2月18日 2024年2月18日分子進化(理論), 生物 系統樹, ゲノム, 進化学, 進化生物学 0 色々と系統樹について勉強していく人はきっと「最も系統樹を遡っていった先にある生物はなんだろう?」と考えるだろう。生物全般についていえば、これはLUCA (The last universal common ancestor)と呼ばれる(仮説上の)生物にあたる。 すべての生物の共通祖先でなくとも、… Continue reading
ScipyでDunnettの検定をする Kim 2024年1月29日 2024年1月29日IT, Python, バイオインフォマティクス, Python Python 0 Scipyの最新バージョン(1.12.0)ではDunnettの検定が実装されている。Dunnett検定については別途調べてほしいが、多重検定のひとつだ。コントロールとなる群といくつかの実験群を比較し、検定する。 Scipyを使えば簡単にできる。以下は公式ドキュメントのサンプルの簡単な翻訳。 この… Continue reading
Protein blast における ‘Positives’ はどんな意味か? Kim 2023年12月30日 2023年12月30日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, NCBI, アライメント, BLAST 0 tblastn、blastp をして結果を眺めて整理していたとき、あまり気にしていなかったが “Positives” というスコアがあることに気づいた。 そのとなりにある “Identities” はアライメントされたアミノ酸残基の完全一致率、数を示し… Continue reading
The bichir handbook について Kim 2023年11月15日 2023年12月8日魚の陸上進化, 生物 ポリプテルス 0 2020年に海外で “The bichir handbook” というポリプテルスの書籍が出版された。 日本でも少し話題になり、個人輸入した人がメルカリに出品するなど、ちらほら入手している人もいるようだった。 私も海外から取り寄せた(冊数が足りなかった上に遅かったりだいぶ苦労… Continue reading
MyGene.info のAPIを叩いてみる Kim 2023年9月14日 2023年11月27日Web, ゲノム解析, IT, Python, Python, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, NCBI, Web, ゲノミクス, Ensembl, Python 0 タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。 そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i… Continue reading
アフリカハイギョのシングルセルトランスクリプトームから魚の陸上適応を明らかにする Kim 2023年9月14日 2023年11月27日RNA-seq, 生物, 魚の陸上進化, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 陸上進化, ハイギョ, RNA-seq, scRNA-seq 0 ハイギョは現生魚類の中で最も陸上脊椎動物(両生類や有羊膜類など)に近い生物である。その名の通り肺を持っている魚である。エラも持っており、エラと肺、両方で呼吸ができる特殊な魚である(他にもポリプテルスなどが同様に肺とエラ両方持っている)。 また、一部のハイギョでは水が干上がった乾季などにおいては泥… Continue reading
遺伝研スパコンのジョブの終了状態を確認する Kim 2023年8月2日 2023年11月27日バイオインフォマティクス Linux, スーパーコンピュータ 0 遺伝研スパコン(遺伝研スーパーコンピュータシステム)では、Grid Engine (SGE系)を採用している。この記事を読んでいる人(利用者)であれば、まず最初にqloginしろ、とか、ジョブを実行するときはスクリプトファイルをqsubしろ、とかを講習会などで最初に習うはずである。 無事終了する… Continue reading
GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する Kim 2023年7月18日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, GTF, GFF, ゲノムアノテーション 0 イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが… Continue reading
ポリプテルスの寄生虫、ポリプティの駆除薬 Kim 2023年3月17日 2023年11月27日生物 ポリプテルス 0 研究室で飼育しているポリプテルスにポリプティ(種同定は行っていないが、他の魚への寄生が見られないことから)が発生した。 ネットで調べると「リフィッシュ」が良いとのことでリフィッシュを買おうとしたが2023年現在既に廃盤となり、入手困難である。今回は運良く近所の店に最後の1つがあったが、今は手に入らな… Continue reading