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DESeq2のインストール

まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。

環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版

まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれないが、面倒くさいので管理者権限を与えた。

こうすることで管理者権限で実行可能

まずはBioconductorのインストール

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

なにか出てきたら[a]で全部入れてやる。

次にDESeq2のインストール

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

これでDESeq2のインストールは完了。

library(DESeq2)
packageVersion("DESeq2")

でDESeq2の読み込みと、バージョンの表示。

2020/05/27現在では

> packageVersion("DESeq2")
[1] ‘1.28.1

であった