枝が長い系統樹の注意点 – Long Branch Attraction

分子系統樹を作成する時、特に何も考えずにツールに突っ込んで得られたデータの樹形を見ているということはないだろうか? 系統樹に関する既知の問題点として「Long branch attraction」という現象が古くから(50年くらい前)知られている。ロングブランチアトラクション、の日本語訳はまだ当てら…

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Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時

FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。 BAMファイルを調べる。 すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと…

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EnTAPでde novoアセンブルしたRNA-seqデータにアノテーション – 実データ編

前回のインストールの記事からめちゃくちゃ時間が経ってしまった。サクッと続きとして実データでの稼働方法を記しておく。 このドキュメントをベースに。 Trinityでde novo assemble Trinityで最初に自分のRNA-seqデータをアセンブルしておく。Trinity以外でも別に問題はな…

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【R】ベクトル同士を比較して同じ要素が含まれているかを判定

手こずったので備忘録。 ある遺伝子IDとカウントデータが存在し、別の条件で遺伝子IDだけを絞り込んだデータフレームが存在した。 その絞り込んだ遺伝子IDが含まれるカウントデータデータフレームのレコードが必要だった。 最初はdf[df$geneid == df_another$geneid]とかでやっ…

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FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う

2021/05/25 追記: Ubuntuでのインストール方法を更新 前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、こ…

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【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】

以前、学部生の頃に作成した記事である【R】2群間においてt検定を実行し,アスタリスク付きのグラフを表示する がこのサイトのアクセス数第4位を維持し続けている。(1位はカナヘビの飼い方、2位はなぜ動物の交尾はバックばかり?~魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで~、3位は【Python】scipy.sta…

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ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする

ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス…

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Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方

最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…

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マクロジェンにRNA-seqを委託した話とアダプター配列除去方法

今回はマクロジェンに委託したRNA-seqについての話。弊ラボではそこにRNA-seqを委託しているので、ラボメンに向けての備忘録も兼ねて。 シーケンスの状態 弊研究室ではRNAシーケンスをマクロジェンに委託している。シーケンサはNovaSeq6000で100bpもしくは150bpで読んでいる。相乗…

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