【R】ベクトル同士を比較して同じ要素が含まれているかを判定

手こずったので備忘録。 ある遺伝子IDとカウントデータが存在し、別の条件で遺伝子IDだけを絞り込んだデータフレームが存在した。 その絞り込んだ遺伝子IDが含まれるカウントデータデータフレームのレコードが必要だった。 最初はdf[df$geneid == df_another$geneid]とかでやっ…

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FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う

前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、これをIGVなどのゲノムブラウザに読み込ませてどこにリードが貼り付いてい…

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【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】

以前、学部生の頃に作成した記事である【R】2群間においてt検定を実行し,アスタリスク付きのグラフを表示する がこのサイトのアクセス数第4位を維持し続けている。(1位はカナヘビの飼い方、2位はなぜ動物の交尾はバックばかり?~魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで~、3位は【Python】scipy.sta…

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ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする

ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス…

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Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方

最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…

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マクロジェンにRNA-seqを委託した話とアダプター配列除去方法

今回はマクロジェンに委託したRNA-seqについての話。弊ラボではそこにRNA-seqを委託しているので、ラボメンに向けての備忘録も兼ねて。 シーケンスの状態 弊研究室ではRNAシーケンスをマクロジェンに委託している。シーケンサはNovaSeq6000で100bpもしくは150bpで読んでいる。相乗…

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EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築

今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 2020/07/20: 公式ドキュメントのリンクが変更されていたので貼り直した 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB スト…

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ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する

トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究…

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DESeq2のインストール

まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。 環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版 まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれな…

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NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで

現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開…

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