【benchling】Webで実験ノートを取るサービスの使い方
どんな生物系のラボでも実験ノートを取らないというラボはないだろう。 そしておそらく、十中八九紙のノートに頼っている。現にうちのラボがそうである。 ただ、徐々にプロトコルなどはパソコンで作って印刷して……みたいな移行は見られるが、完全にラボノートをパソコンにしたという話は聞かない。 作るとした…
カテゴリー: バイオインフォマティクス
生命科学における主な配列データベース
2018/10/13 時点でのまとめ.先日GEAが登録開始したように追加があるので気が向いたら随時更新する予定. これまで配列解析をする際にどの種類データがどのデータベースにあるかがはっきりわかっていなかったのでまとめ. ここではデータベース=一次データベースとして扱う.一次データベースとは,研…
Python for Biologists を終えて
バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。 現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。 以下のURLから購入することができる。 htt…
SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~
はじめに(SRAとは) これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。 SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。というか、使わざるを得ない状況になってきている。 2022…
【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書
コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。 普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV codon_table.csv ・Python用コドン表辞書 codon_table = { ‘AUA’:’I’, ‘AUC’:’I’, ‘A…
機械学習ぞめ
最近courseraのmachine-learningという講義を取り始めた． バイオインフォマティクスの勉強をやっていくうちに何かもっとゲノム全体で大きく広く解析が自動で行われないかと考えていたところ，最近流行りの機械学習やディープラーニング，AIという単語が脳裏に浮かんだ． 愚直ながらもそ…
BioLinux(Ubuntu)の導入におけるグラボのバグ
だいぶ苦戦したので忘備録として． BioLinuxの最新版(Ubuntu14.04)においてグラフィックボードを使用した際に画面が点滅，及び正常に描写されないといった現象が確認された． 使用していたグラボはZOTAC ZT-70406-10P GeForce GTX760であった． Wind…
PyMOLにおけるポリペプチド鎖の二面角の求め方
PyMOLにおけるポリペプチド鎖二面角の求め方を備忘録として記しておく． まずペプチド結合について軽く触れておくと，ペプチド結合は共鳴によって約40%の二重結合性を帯びている(LinusPauling and RobertCorey)． そのことからペプチド結合は平面構造を取る．つまりポリペプ…
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Python for Biologists を終えて
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【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書
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機械学習ぞめ
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PyMOLにおけるポリペプチド鎖の二面角の求め方
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