SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~

前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…

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MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04

今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし,最尤法を用いた系統樹推定を行いたい. タイトルにもある通り,今回はUbuntuを扱って解析を行う.mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので. 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900…

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【BLAST】tblastnで Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options と出る

アホみたいなミスをして時間を溶かしたので万が一こんなエラーで悩んでいる一のための備忘録 問題点 makeblastdbでデータベースを作成後,クエリーとしてとあるmRNAの配列を用意し,tblastnにかけた. その結果,Could not calculate ungapped Karlin-Alt…

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【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする

※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…

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あくあたんは生命ラボの生体管理に変革をもたらすか?

あくあたん工房のアドベントカレンダーの記事です。 私はあくあたん工房のメンバーではないのですが、招待されたので書いてみることにしました。 テーマは「あくあたんは生命ラボの生体管理に変革をもたらすか?」。 生命系のラボに属している私がラボにあくあたんを導入したらどうなのかということについて勝手に書きま…

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なぜ動物の性比は1:1なのか?- 個体ベースPythonシミュレーションで見る

さて,前回の話の続き. (なぜ動物の性比は1:1なのか?-フィッシャーの原理) 前回は”概念”的な話と数式を用いた解説を行った. それにより「両親から同じ数の遺伝子を受け継ぎ生涯性別が固定されている有性生殖をする動物」については性比がおおよそ1:1になることがわかっただろう.…

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【Python】Matplotlibで複数のグラフを一枚の画像で表示

環境 Jupyter Notebook 5.7.1 matplotlib 2.2.2 導入 複数のグラフを一枚の図に入れて編集の手間を省こうと思った。 コード (参考:Matplotlibで複数のグラフを並べて描く方法) 6つグラフを表示し、1~5はhogeXで6つ目はPopulationである。 …

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【R】2群間においてt検定を実行し,アスタリスク付きのグラフを表示する

新しいよりよいグラフの記事が出ています 【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】 こちらをご覧ください。こっちのほうがきれい!!!!!!!!!!!!! 旧文書 1年前に自分用に作った2群間においてt検定を実行して棒グラフを作り,よくあるバーとアスタリスク(*)をつける…

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【benchling】Webで実験ノートを取るサービスの使い方

 どんな生物系のラボでも実験ノートを取らないというラボはないだろう。  そしておそらく、十中八九紙のノートに頼っている。現にうちのラボがそうである。  ただ、徐々にプロトコルなどはパソコンで作って印刷して……みたいな移行は見られるが、完全にラボノートをパソコンにしたという話は聞かない。  作るとした…

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