Python for Biologists を終えて

 バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。  現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。  以下のURLから購入することができる。 htt…

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SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~

はじめに(SRAとは) これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。 SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。というか、使わざるを得ない状況になってきている。 2020…

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【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書

 コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。  普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV  codon_table.csv ・Python用コドン表辞書 codon_table = { ‘AUA’:’I’, ‘AUC’:’I’, ‘A…

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Courseraの機械学習を終えて

ずいぶんと修了してから時間が経ってしまったが、軽く書き留めておこうと思う。 先日の記事でやると言ったCourseraの機械学習の講座を今年4月(もう5ヶ月も前かよ)に終えた。 感想としては非常にわかりやすく、機械学習とはどういったものがあるかといったところから実装まできちんと解説がなされていたので最…

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機械学習ぞめ

 最近courseraのmachine-learningという講義を取り始めた.  バイオインフォマティクスの勉強をやっていくうちに何かもっとゲノム全体で大きく広く解析が自動で行われないかと考えていたところ,最近流行りの機械学習やディープラーニング,AIという単語が脳裏に浮かんだ.  愚直ながらもそ…

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PyMOLにおけるポリペプチド鎖の二面角の求め方

 PyMOLにおけるポリペプチド鎖二面角の求め方を備忘録として記しておく.  まずペプチド結合について軽く触れておくと,ペプチド結合は共鳴によって約40%の二重結合性を帯びている(LinusPauling and RobertCorey).  そのことからペプチド結合は平面構造を取る.つまりポリペプ…

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