NCBI のAPIで”API rate limit exceeded”と出る Kim 2022年10月25日 2022年10月25日バイオインフォマティクス NCBI, Web NCBIのAPIでFASTAなどを取得するツールを作っているのだが、非同期処理を導入して大量に並列取得をしようとしたところ”API rate limit exceeded”とエラーが出ていることが判明した。 ググると以下のページのように、アクセス制限が存在することが明らかにな… Continue reading
NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで Kim 2020年4月23日 2020年4月23日バイオインフォマティクス, Python NCBI, Python, バイオインフォマティクス 現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開… Continue reading
NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて Kim 2019年12月24日 2019年12月24日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの… Continue reading