ScipyでDunnettの検定をする
Scipyの最新バージョン(1.12.0)ではDunnettの検定が実装されている。Dunnett検定については別途調べてほしいが、多重検定のひとつだ。コントロールとなる群といくつかの実験群を比較し、検定する。 Scipyを使えば簡単にできる。以下は公式ドキュメントのサンプルの簡単な翻訳。 この…
カテゴリー: Python
MyGene.info のAPIを叩いてみる
タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。 そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i…
【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える
目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。 そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。 フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り…
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する
OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築) OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込む これによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが…
【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない
問題点 GPyでグラフをプロットしたとき，Dataのみはプロットされるものの，meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった． 解決法 入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる． 必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…
【Python】GPyでガウス過程回帰と予測をやってみる
はじめに ガウス過程回帰とは，線形回帰ではフィッティングできないようなものであってもより有効な非線形回帰モデルの1つである． 説明変数xを入力として，目的変数yを導き出す． 詳しい説明は以下の文献を参照して欲しい．(ぶっちゃけ私は詳しいガウス過程回帰の仕組みとかよくわかっていない．「こういうのがある…
【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする
※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…
【Python】scipy.statsを使って正規分布の累積分布関数をプロットする
あまり調べても出てこなかった上に，いちいちPython上でライブラリを使わず積分して求めるやり方とかが出てくるので覚え書きとして． 一般的に我々がよく目にする正規分布のあの釣鐘状のグラフは確率密度関数をプロットしたものである．それのプロットの仕方はそこら中に出回っているのでそちらを参照してほしい． …
ラズパイとSlackで自宅水槽監視 – Pythonで自動投稿
前回の記事の続きであるので読んでない人は先にそちらを読むことをおすすめする． ラズパイとSlackで自宅水槽監視 – 初期設定 ラズパイ起動時に自動起動 Raspberry Piが起動したときにmotionを自動起動させたい． そこで/etc/rc.localをいじる． これで開かれるファイルの末尾…
MyGene.info のAPIを叩いてみる
タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。 そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i…
【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える
目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。 そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。 フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り…
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する
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【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない
問題点 GPyでグラフをプロットしたとき，Dataのみはプロットされるものの，meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった． 解決法 入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる． 必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…
【Python】GPyでガウス過程回帰と予測をやってみる
はじめに ガウス過程回帰とは，線形回帰ではフィッティングできないようなものであってもより有効な非線形回帰モデルの1つである． 説明変数xを入力として，目的変数yを導き出す． 詳しい説明は以下の文献を参照して欲しい．(ぶっちゃけ私は詳しいガウス過程回帰の仕組みとかよくわかっていない．「こういうのがある…
【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする
※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…
【Python】scipy.statsを使って正規分布の累積分布関数をプロットする
あまり調べても出てこなかった上に，いちいちPython上でライブラリを使わず積分して求めるやり方とかが出てくるので覚え書きとして． 一般的に我々がよく目にする正規分布のあの釣鐘状のグラフは確率密度関数をプロットしたものである．それのプロットの仕方はそこら中に出回っているのでそちらを参照してほしい． …
ラズパイとSlackで自宅水槽監視 – Pythonで自動投稿
前回の記事の続きであるので読んでない人は先にそちらを読むことをおすすめする． ラズパイとSlackで自宅水槽監視 – 初期設定 ラズパイ起動時に自動起動 Raspberry Piが起動したときにmotionを自動起動させたい． そこで/etc/rc.localをいじる． これで開かれるファイルの末尾…
