ScipyでDunnettの検定をする Kim 2024年1月29日 2024年1月29日IT, Python, Python, バイオインフォマティクス Python 0 Scipyの最新バージョン(1.12.0)ではDunnettの検定が実装されている。Dunnett検定については別途調べてほしいが、多重検定のひとつだ。コントロールとなる群といくつかの実験群を比較し、検定する。 Scipyを使えば簡単にできる。以下は公式ドキュメントのサンプルの簡単な翻訳。 この… Continue reading
MyGene.info のAPIを叩いてみる Kim 2023年9月14日 2023年11月27日Web, ゲノム解析, IT, Python, Python, バイオインフォマティクス NCBI, Web, ゲノミクス, Ensembl, Python, バイオインフォマティクス 0 タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。 そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i… Continue reading
AWS S3のバケットポリシーで”aws:Referer”を加えるとアクセスできない Kim 2021年5月30日 2023年11月27日Web, IT Web, AWS 0 タイトルの通り。もう何時間も溶かした。今深夜の2時半で、ターミナルの文字が浮き出ているように見えるくらい疲れているが備忘録。 S3で特定のドメインからのみのアクセスを許可したい EC2上でWebアプリケーションが動いていて、S3上に動画ファイルが存在する。 Webブラウザを通してそのS3上にある動画… Continue reading
【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】 Kim 2020年10月6日 2023年11月27日R, IT, バイオインフォマティクス R, ggplot2, 作図 0 今回論文を作成するにあたってggplot2を用いて有意差を示すアスタリスクとバーを含むきれいなグラフを作りたい、ということから勉強して作成した。 出来上がった図はこちら。 前回はライブラリ(ggplot2)を使わずに作成したが、以下のようなものだった。 ダサかったね。現時点で3000アクセス以上あっ… Continue reading
【django】django.db.utils.ProgrammingError: リレーション hogeはすでに存在しますの対処法 Kim 2020年6月8日 2023年11月27日Web, IT Django, Web 0 背景と問題点 djangoでmigrationがうまくいかず、以下のようなエラーで悩んでいた。 ググると結局migrationファイルを消せとしか出てこないのではーーーーーって気持ちで と、migrationsフォルダの__init__.py以外のファイル・フォルダをすべて抹消した。 それでmigr… Continue reading
【HTML】video.js でHLSを配信するときに自動再生し、閲覧者にすべての操作を禁止させる Kim 2020年5月27日 2023年11月27日Web, IT HTML, Web 0 問題点 どうしてもストリーミング配信(HLS)を行う際にあらゆるプレーヤーの操作を禁止させたかった。 video.js を用いてHLSを配信を行い、HTMLファイルにvideoタグでそれを埋め込む。視聴者に一時停止や早送りなどの操作を一切させず、画面を読み込んだら自動的に再生が行われるような環境を作… Continue reading
【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える Kim 2020年4月28日 2023年11月27日Web, IT, Python Python, Django, Web 0 目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。 そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。 フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り… Continue reading
Windows上でUbuntu(WSL)を動かしたときにエンターキーで変な文字が入力される Kim 2020年4月13日 2023年11月27日環境設定, IT, Linux Ubuntu, Linux, WSL 0 問題点 こんな感じでWSLを起動して入力をし、Enterキーを押すと”^[[F”が入力されてしまう。 これによってパスワードなどの設定がうまくいかない。 解決方法 なぜかは不明だが、管理者権限で実行するとその問題が起こらない Continue reading
卒論・修論作成に必須! Mendeley を使った参考文献リストの作り方 Kim 2020年1月18日 2023年11月27日IT, その他 Mendeley, 論文執筆 0 卒論・修論の季節真っ盛り。学術誌に投稿するような論文のみならず、卒論・修論・博論のような学位論文にも文献管理は必須となってくる。引用文献の無い論文は学術論文ではないし、引用文献が少ない論文は本当に先行研究を当たったのか怪しく思われる。 引用文献・参考文献というものをわざわざ作って論文の末尾にそれを附… Continue reading
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する Kim 2019年11月16日 2023年11月27日IT, Python Python, openpose 2 OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築) OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込む これによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが… Continue reading