【R】ベクトル同士を比較して同じ要素が含まれているかを判定 Kim 2020年12月31日 2023年11月27日R, バイオインフォマティクス R 0 手こずったので備忘録。 ある遺伝子IDとカウントデータが存在し、別の条件で遺伝子IDだけを絞り込んだデータフレームが存在した。 その絞り込んだ遺伝子IDが含まれるカウントデータデータフレームのレコードが必要だった。 最初はdf[df$geneid == df_another$geneid]とかでやっ… Continue reading
【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】 Kim 2020年10月6日 2023年11月27日R, IT, バイオインフォマティクス R, ggplot2, 作図 0 今回論文を作成するにあたってggplot2を用いて有意差を示すアスタリスクとバーを含むきれいなグラフを作りたい、ということから勉強して作成した。 出来上がった図はこちら。 前回はライブラリ(ggplot2)を使わずに作成したが、以下のようなものだった。 ダサかったね。現時点で3000アクセス以上あっ… Continue reading
DESeq2のインストール Kim 2020年5月27日 2023年11月27日RNA-seq, R, バイオインフォマティクス R, RNA-seq 0 まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。 環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版 まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれな… Continue reading