Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方
最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…
タグ: RNA-seq
マクロジェンにRNA-seqを委託した話とアダプター配列除去方法
今回はマクロジェンに委託したRNA-seqについての話。弊ラボではそこにRNA-seqを委託しているので、ラボメンに向けての備忘録も兼ねて。 シーケンスの状態 弊研究室ではRNAシーケンスをマクロジェンに委託している。シーケンサはNovaSeq6000で100bpもしくは150bpで読んでいる。相乗…
EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築
今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB ストレージ 1TB SSD 正直ストレージが心もとないが、移行やらなんやらは面倒くさ…
ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する
トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究…
DESeq2のインストール
まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。 環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版 まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれな…
RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス
なんかラボのメーリングリストに有用な新しい論文とか流したりしているが、そもそもボス以外興味を示さない上、技術の話になると誰も反応がなくなることからこれからはこっちに書き留めておくこととする。 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barr…
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする
RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール…
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か
私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする
これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…
SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~
前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…
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