ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する Kim 2020年6月24日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス de novo アセンブリ, EnTAP, バイオインフォマティクス, RNA-seq 0 トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究… Continue reading
DESeq2のインストール Kim 2020年5月27日 2023年11月27日RNA-seq, R, バイオインフォマティクス RNA-seq, R 0 まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。 環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版 まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれな… Continue reading
RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス Kim 2020年3月22日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq 0 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinf… Continue reading
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする Kim 2020年2月26日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス マッピング, バイオインフォマティクス, RNA-seq 1 RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール… Continue reading
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か Kim 2019年12月18日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, STAR, HISAT2, マッピング 3 私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング… Continue reading
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする Kim 2019年11月11日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, クォリティコントロール 2 これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託… Continue reading
SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ Kim 2019年11月7日 2023年11月27日SRAtoolkit, バイオインフォマティクス SRA Toolkit, RNA-seq, バイオインフォマティクス 3 前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な… Continue reading