脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か? Kim 2021年12月24日 2024年2月21日RNA-seq, バイオインフォマティクス HISAT2, ゲノミクス, バイオインフォマティクス, ハイギョ, RNA-seq, STAR 0 タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit… Continue reading
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か Kim 2019年12月18日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, STAR, HISAT2, マッピング 3 私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング… Continue reading