EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築

今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB ストレージ 1TB SSD 正直ストレージが心もとないが、移行やらなんやらは面倒くさ…

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ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する

トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究…

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