バイオインフォマティクス – ページ 5

PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする

Kim 2019年11月11日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス 2

これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…

SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~

Kim 2019年11月7日 2023年11月27日SRAtoolkit, バイオインフォマティクス 3

前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…

How to make a phylogenetic tree with Bootstrap values in RAxML?

Kim 2019年10月19日 2023年11月27日バイオインフォマティクス 1

この記事は日本語の記事があります(This article is available in Japanese)MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04 Problem After analyzing with RAxML, I wanted to …

MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04

Kim 2019年10月17日 2023年11月27日バイオインフォマティクス 2

今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし，最尤法を用いた系統樹推定を行いたい．タイトルにもある通り，今回はUbuntuを扱って解析を行う．mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので．環境環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900…

【BLAST】tblastnで Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options と出る

Kim 2019年5月24日 2019年5月24日バイオインフォマティクス 0

アホみたいなミスをして時間を溶かしたので万が一こんなエラーで悩んでいる一のための備忘録問題点 makeblastdbでデータベースを作成後，クエリーとしてとあるmRNAの配列を用意し，tblastnにかけた．その結果，Could not calculate ungapped Karlin-Alt…

【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする

Kim 2019年4月25日 2020年1月22日IT, Python, Python 0

※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…