ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする Kim 2020年9月19日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, MAFFT, Jalview 0 ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス… Continue reading
MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04 Kim 2019年10月17日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RAxML, FigTree, MAFFT, 系統樹 2 今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし,最尤法を用いた系統樹推定を行いたい. タイトルにもある通り,今回はUbuntuを扱って解析を行う.mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので. 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900… Continue reading