【benchling】Webで実験ノートを取るサービスの使い方
どんな生物系のラボでも実験ノートを取らないというラボはないだろう。 そしておそらく、十中八九紙のノートに頼っている。現にうちのラボがそうである。 ただ、徐々にプロトコルなどはパソコンで作って印刷して……みたいな移行は見られるが、完全にラボノートをパソコンにしたという話は聞かない。 作るとした…
投稿者: Kim
卒論まであと4ヶ月……
昨日、ぼんやりと実験をしながら残りの在学期間について考えていた。 2月頃に卒論発表会があったはずなので、現在から考えると残り約4ヶ月しかないことになる。 対して研究は思ったよりも進んでいないという現状で、若干の焦りを覚える。 なんとかして発表するデータを取らなければならないのだが、どうにも思…
生命科学における主な配列データベース
2018/10/13 時点でのまとめ.先日GEAが登録開始したように追加があるので気が向いたら随時更新する予定. これまで配列解析をする際にどの種類データがどのデータベースにあるかがはっきりわかっていなかったのでまとめ. ここではデータベース=一次データベースとして扱う.一次データベースとは,研…
Python for Biologists を終えて
バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。 現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。 以下のURLから購入することができる。 htt…
他大学(外部)から東工大大学院に合格して ~面接と合格発表~
・出願や配点 ・勉強法と参考書 の続き 面接前日は水族館を見たりしてからホテルへ。 町田でホテルを取ったが、町田は正直バスがすごくわかりにくいので時間に余裕を持って出たほうが良い。 もし東工大(すずかけ台)行きのバスがどこかわからなかったデッキ(2階)に上がってバスの行き先案内表示板を見たほう…
他大学(外部)から東工大大学院に合格して ~勉強法と参考書~
前回の続き。 主に参考書は”広く若干深く”の書籍を数冊読むことにした。 いわゆる生命系大学院の院試鉄板「Essential 細胞生物学」や「THE CELL」などは内容が細かすぎて全部読むのは時間の無駄なので一切手を付けていない。 そもそもその2冊は細胞生物学に絞っただ…
他大学(外部)から東工大大学院に合格して ~出願や配点~
忘れないうちに書き留めておこうと思う。 私は他大学(外部)の大学から東京工業大学大学院に合格した。 系は生命理工系。 ネットで色々見ていても他の系の情報ばかりで生命理工は殆どというか全く無いように感じたので参考までに書き記す。 大学の学部は関西の国立大学でGPAは出願時で3はなかった。 …
SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~
はじめに(SRAとは) これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。 SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。というか、使わざるを得ない状況になってきている。 2020…
【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書
コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。 普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV codon_table.csv ・Python用コドン表辞書 codon_table = { ‘AUA’:’I’, ‘AUC’:’I’, ‘A…
総合研究大学院大学に合格
昨日、総研大の合格発表が行われた。 私も総合研究大学院大学の生命科学研究科の某専攻に合格したのだが、まだあと1つ、東工大の結果を控えている。 (自分の所属する大学も合格したが、これは合格率100%であるのでどうでもいい。だが逆に言えば理系でこれだけ定員割れしているのだからワンチャン狙うならば穴…
