ゲノム – Kim Biology & Informatics

「最も古い」現生動物は何か？― カイメンとクシクラゲ論争

Kim 2024年2月18日 2024年2月18日分子進化(理論), 生物 0

　色々と系統樹について勉強していく人はきっと「最も系統樹を遡っていった先にある生物はなんだろう？」と考えるだろう。生物全般についていえば、これはLUCA (The last universal common ancestor)と呼ばれる(仮説上の)生物にあたる。　すべての生物の共通祖先でなくとも、…

配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について

Kim 2022年6月29日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…

【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読

Kim 2021年2月5日 2023年11月27日生物, 魚の陸上進化 0

ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…