RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス
なんかラボのメーリングリストに有用な新しい論文とか流したりしているが、そもそもボス以外興味を示さない上、技術の話になると誰も反応がなくなることからこれからはこっちに書き留めておくこととする。 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barr…
両生類は光る？ – ほとんどの両生類は生体蛍光を示すことが明らかに
蛍光ペンで描いた絵を暗い部屋でブラックライトを照射すると光って見える。これを「蛍光」という。 生物にもこの蛍光を示す種が多く存在していることは昔から知られており、軟骨魚類(サメ)やウナギなどの海洋生物に多く存在することが知られていた。 陸上脊椎動物においては、紫外線下においてオウムやカメレオンなどが…
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする
RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール…
ゲノム配列を使って生物全体の系統樹の全貌が明らかに！？～菌類と動植物の意外な関係
全生物のつながりを描く系統樹 系統樹とは「進化の道筋」を人間が見てわかりやすいようにグラフ化したものである。その生物がどの段階で分岐したのか、ということが一目で見てわかる大変便利なものである。 普段研究では「系統樹の推定」は種内、あるいは少し遠くの目レベル、遠くても脊椎動物内、というようにある程度の…
卒論・修論作成に必須！ Mendeley を使った参考文献リストの作り方
卒論・修論の季節真っ盛り。私が所属している研究室では「えっ？ こんなに先輩引用文献書いてる！」「私引用文献20個超えたよ！」みたいな会話が飛び交う。引用文献の数で競ってもどうしようもないが、引用文献の無い論文は学術論文ではないし、引用文献が少ない論文は本当に先行研究を当たったのか怪しく思われる。 引…
脊椎動物ゲノムプロジェクト(Vertebrate Genome Project)について
最近いくらゲノムを読む価格が下がったとはいえ、マニアックすぎるような生物(前に紹介したアシナシイモリのゲノムのように)が大量にNCBIやEnsembleに登録されるようになってきた。アミメウナギまで登録されており、誰がやってるんだと不思議に思っていた。 わーいやったぜ みたいなノリで使って、論文執筆…
地球上で一番長い精子を持つ動物は？ – 知られざる交尾後の性選択
正月、ダラダラと論文を書くか書かないかしながらテレビを眺めていると、福山雅治と半沢直樹に出ていた役者の人(名前忘れた)が出演する動物に関する番組が放送されていた。 その中で「この鳥はなんとこんなに長い精子を持っていて動物最大！」ってフレコミで紹介していたのだが、実はそんなことないのでこの記事にまとめ…
NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて
NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの…
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か
私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…
【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う
※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り～ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説…
