ラズパイ(Raspberry Pi)で複数のUSBカメラと水温計などのセンサを用いてSlack経由で水槽を監視する
先日の動物学会で、ラズパイでカメラを制御して云々という発表を見た。そこに”ラズパイおじさん”たちが募っていたのが面白かった。かくいう私も突っ込んだりとかしていたのだが、その中に「1台のラズパイで複数のカメラを制御できないか」という質問があった。 それに対して「USBカメラなら…
魚と両生類の間 – 現在生きている魚と比較して
私は魚と両生類の間でどのような進化が起きたのかを研究しているのだが、私と同じような興味を抱いている人間は一般の人にも多く、度々「魚の手足の起源！」「両生類に似た魚！」みたいな話がニュースサイトに取り上げられるたびにTwitterなどで少し話題になったりする。 最近だとNatureに掲載されたR…
カワスイ(川崎水族館)にオープン初日に行ってきた！ – 意外とマニア向け？
今日、2020年7月17日に川崎駅 ルフロン内にオープンしたカワスイ(川崎水族館)に早速行ってきた。 川崎駅で降りたことはなかったが、結構大きな駅。ルフロンはJRの改札を出て少し歩いたところにあった。ルフロン内のフードコートでのんきに飯を食っていると、「現在入場規制中」との館内放送。やべっと思って駆…
Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方
最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…
マクロジェンにRNA-seqを委託した話とアダプター配列除去方法
今回はマクロジェンに委託したRNA-seqについての話。弊ラボではそこにRNA-seqを委託しているので、ラボメンに向けての備忘録も兼ねて。 シーケンスの状態 弊研究室ではRNAシーケンスをマクロジェンに委託している。シーケンサはNovaSeq6000で100bpもしくは150bpで読んでいる。相乗…
EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築
今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 2020/07/20: 公式ドキュメントのリンクが変更されていたので貼り直した 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB スト…
ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する
トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究…
魚の陸上化で目が大きくなる？
今から約3億5000万年前、デボン紀の終わり頃に魚が陸上へと進出した。 魚が陸上へと進出するためには様々な準備が必要であった。例えば陸を這うための腕であったり、水の外でも呼吸できるような肺であったり、あるいはリン酸カルシウムからなる重たい鱗を捨てたりする必要があった。 現在、この魚の陸上進出がどのよ…
【django】django.db.utils.ProgrammingError: リレーション hogeはすでに存在しますの対処法
背景と問題点 djangoでmigrationがうまくいかず、以下のようなエラーで悩んでいた。 ググると結局migrationファイルを消せとしか出てこないのではーーーーーって気持ちで と、migrationsフォルダの__init__.py以外のファイル・フォルダをすべて抹消した。 それでmigr…
【HTML】video.js でHLSを配信するときに自動再生し、閲覧者にすべての操作を禁止させる
問題点 どうしてもストリーミング配信(HLS)を行う際にあらゆるプレーヤーの操作を禁止させたかった。 video.js を用いてHLSを配信を行い、HTMLファイルにvideoタグでそれを埋め込む。視聴者に一時停止や早送りなどの操作を一切させず、画面を読み込んだら自動的に再生が行われるような環境を作…
