FASTAのヘッダ(名前)の行だけ抽出 Kim 2022年5月28日 2022年5月28日未分類 何度も忘れてググるので備忘録。 “”を忘れると、対象のファイルがおかしなことになる(消える)ので注意。 Continue reading
2年ぶり再訪! 進化したカワスイ Kim 2022年3月4日 2022年3月11日生物, 日記 水族館 以前カワスイ(川崎水族館)のオープン初日に行ったというレビューを書いた。後輩に「めちゃ書くやん」と言われて読み返すとたしかに……。しかも最後に「再訪する」と書きながらもなんやかんやで2年近くが経過してしまっていた。今回再び訪れる機会があったのでレビューをしたいと思う。 オープン初日は長蛇の列→空いて… Continue reading
学振とJST次世代等の助成金の確定申告 Kim 2022年2月3日 2022年2月3日その他 博士課程, 学振, 学振DC 毎年この季節になると確定申告でざわつくが、学振と今年度から始まった次世代研究者挑戦的研究プログラム(JST次世代)とでは確定申告や税に関する申告が異なるので要注意。 簡単に書き留めておく。 学振(日本学術振興会特別研究員DC1/2, PD) 雇用関係はないものの、しっかりと源泉徴収されている。給与所… Continue reading
脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か? Kim 2021年12月24日 2021年12月24日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ハイギョ, RNA-seq, STAR, HISAT2, ゲノミクス タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit… Continue reading
ハイギョの繭は生きた細胞で、外環境から身を守る Kim 2021年12月20日 2021年12月20日生物, 魚の陸上進化 生物, 進化生物学, 陸上進化, ハイギョ ハイギョは最も両生類に近い、現在生きている魚である。 「生きた化石」とも呼ばれ、またその名の通り肺を持つ魚としても知られている。 肺を持つ、ということは空気呼吸が可能であり、陸上で生活できることが知られている。 実際、アフリカや南アメリカに生息するハイギョは陸上で生き延びることができ、乾季になると土… Continue reading
LASTZで全ゲノムをアライメント Kim 2021年10月21日 2021年10月29日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノム解析, ゲノミクス, アライメント lastzについての日本語ドキュメントが少ないので備忘録として。 lastzはWhole genomeレベルでのアライメントができるツールである。 結構古くからあり有名なのでこの辺の説明は割愛。今も開発が続いている。 ダウンロードとインストール GitHubが公開されているが、リリース版はこちらから… Continue reading
TE配列の分類を行うDeepTEの使い方 Kim 2021年9月12日 2021年9月12日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノミクス, トランスポゾン, DeepTE 最近は転移因子(TE、トランスポゾン)の話が連日続いているが、今回は前回の記事で紹介した機械学習によるTE分類ツールの1つ、DeepTE (Yan et al., 2020) を実際に使ってみる。 Yan, H., Bombarely, A., & Li, S. (2020). D… Continue reading
転移因子(TE)の分類ツール: ClassifyTE、DeepTE Kim 2021年8月24日 2021年8月24日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノミクス, トランスポゾン 転移因子(トランスポゾン、TE)はゲノムのある位置からある位置へと飛んでいくというDNA配列である。様々な真核生物においてゲノムに存在し、様々な役割を担っていたり、あるいは単純に「ジャンクDNA」であるようなものも存在する(最初はジャンクとして見られていたけど近年になって様々な役割が明らかにされてき… Continue reading
ゲノム中の反復配列を検出するソフト、REpeat Detector : Redの使い方 Kim 2021年8月23日 2021年8月26日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノミクス, トランスポゾン, 反復配列 ゲノム中の反復配列、トランスポゾン等を検出するソフトは色々と開発されている。代表的なものにRepeat Maskerだったり、RepeatScout、WindowMasker、RepeatModeler等々ある。 それぞれライブラリをベースに検出を行ったり、あるいは denovo 法に基づいていたり… Continue reading
枝が長い系統樹の注意点 – Long Branch Attraction Kim 2021年7月9日 2021年7月9日分子進化(理論), 生物, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 進化生物学, 系統樹 分子系統樹を作成する時、特に何も考えずにツールに突っ込んで得られたデータの樹形を見ているということはないだろうか? 系統樹に関する既知の問題点として「Long branch attraction」という現象が古くから(50年くらい前)知られている。ロングブランチアトラクション、の日本語訳はまだ当てら… Continue reading