TE配列の分類を行うDeepTEの使い方
最近は転移因子(TE、トランスポゾン)の話が連日続いているが、今回は前回の記事で紹介した機械学習によるTE分類ツールの1つ、DeepTE (Yan et al., 2020) を実際に使ってみる。 Yan, H., Bombarely, A., & Li, S. (2020). D…
転移因子(TE)の分類ツール: ClassifyTE、DeepTE
転移因子(トランスポゾン、TE)はゲノムのある位置からある位置へと飛んでいくというDNA配列である。様々な真核生物においてゲノムに存在し、様々な役割を担っていたり、あるいは単純に「ジャンクDNA」であるようなものも存在する(最初はジャンクとして見られていたけど近年になって様々な役割が明らかにされてき…
ゲノム中の反復配列を検出するソフト、REpeat Detector : Redの使い方
ゲノム中の反復配列、トランスポゾン等を検出するソフトは色々と開発されている。代表的なものにRepeat Maskerだったり、RepeatScout、WindowMasker、RepeatModeler等々ある。 それぞれライブラリをベースに検出を行ったり、あるいは denovo 法に基づいていたり…
枝が長い系統樹の注意点 – Long Branch Attraction
分子系統樹を作成する時、特に何も考えずにツールに突っ込んで得られたデータの樹形を見ているということはないだろうか？ 系統樹に関する既知の問題点として「Long branch attraction」という現象が古くから(50年くらい前)知られている。ロングブランチアトラクション、の日本語訳はまだ当てら…
【レビュー】ニチペットAirを購入！ 軽さと可愛いデザインがGood
生物系、とりわけ分子生物学系のラボではマイクロピペットの存在は欠かせない。肌身離さずという人も少なくないのではないだろうか。 マイクロピペットは国内外様々なメーカーから発売されており、精度や大きさ、ストロークの深さ等々多種多様なラインナップが存在する。 以前の記事でも少し触れたことがあるが、私はそん…
NovaseqやNextSeqのシーケンスデータにポリG配列(poly-G)が含まれる
先日またRNA-seqを外注した。 FASTQCでクォリティチェックを行ったところ、以下のように、”Overrepresented sequences”に関する表示が出ていた。なにやら”GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG…
AWS S3のバケットポリシーで”aws:Referer”を加えるとアクセスできない
タイトルの通り。もう何時間も溶かした。今深夜の2時半で、ターミナルの文字が浮き出ているように見えるくらい疲れているが備忘録。 S3で特定のドメインからのみのアクセスを許可したい EC2上でWebアプリケーションが動いていて、S3上に動画ファイルが存在する。 Webブラウザを通してそのS3上にある動画…
一眼レフを手放して散々悩んで買ったX100Vがとても良いという話。
このサイトのトップバナーの画像などはすべて私が撮ってきた写真の一部である。 これらは主にEOS系、つまりCanonの一眼レフカメラを使って撮ってきた。先日、私が所属するラボのWebサイトのデザインを一新したが、その際にも私が撮影した動物の画像を使用したところ「水中カメラで撮影したのでしょうか」と問い…
外鰓とは何か？ – 進化的起源と役割
ウーパールーパーという両生類がいる。英名はアホロートルというのだが、日本では何故か「ウーパールーパー」と名付けられたというかわいそうな(かわいい)生物である。 さて、動物園や水族館、そしてお父さんお母さん世代の人気者であったウーパールーパーの特徴はなんと言ってもその「外鰓」である。あのビラビラした顔…
Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時
FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。 BAMファイルを調べる。 すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと…
