NovaseqやNextSeqのシーケンスデータにポリG配列(poly-G)が含まれる Kim 2021年6月14日 2021年6月14日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, fastp, FastQC 先日またRNA-seqを外注した。 FASTQCでクォリティチェックを行ったところ、以下のように、”Overrepresented sequences”に関する表示が出ていた。なにやら”GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG… Continue reading
AWS S3のバケットポリシーで”aws:Referer”を加えるとアクセスできない Kim 2021年5月30日 2021年5月30日Web, IT Web, AWS タイトルの通り。もう何時間も溶かした。今深夜の2時半で、ターミナルの文字が浮き出ているように見えるくらい疲れているが備忘録。 S3で特定のドメインからのみのアクセスを許可したい EC2上でWebアプリケーションが動いていて、S3上に動画ファイルが存在する。 Webブラウザを通してそのS3上にある動画… Continue reading
一眼レフを手放して散々悩んで買ったX100Vがとても良いという話。 Kim 2021年5月23日 2021年5月24日思ったこと, 日記 日記, カメラ, X100V このサイトのトップバナーの画像などはすべて私が撮ってきた写真の一部である。 これらは主にEOS系、つまりCanonの一眼レフカメラを使って撮ってきた。先日、私が所属するラボのWebサイトのデザインを一新したが、その際にも私が撮影した動物の画像を使用したところ「水中カメラで撮影したのでしょうか」と問い… Continue reading
現時点における学振DCの税金関係 Kim 2021年3月22日 2021年4月17日思ったこと, 日記 学振, 学振DC, 博士後期課程 現時点(2021/03/22)。覚え書きとして。 計算が合っている前提だけど、結構かかる税金が抑えられるように設計されている印象。 前提 未婚、扶養者なし 親からの仕送りなし 他にバイトをしていない 純粋に学振DCの給料(という名の研究奨励金)だけ 研究遂行経費を申請している 計算 まず、年収。源泉… Continue reading
外鰓とは何か? – 進化的起源と役割 Kim 2021年3月19日 2021年9月28日生物, 魚の陸上進化 進化生物学, 陸上進化, 両生類, 魚類 ウーパールーパーという両生類がいる。英名はアホロートルというのだが、日本では何故か「ウーパールーパー」と名付けられたというかわいそうな(かわいい)生物である。 さて、動物園や水族館、そしてお父さんお母さん世代の人気者であったウーパールーパーの特徴はなんと言ってもその「外鰓」である。あのビラビラした顔… Continue reading
Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時 Kim 2021年3月17日 2021年3月17日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, FeatureCounts FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。 BAMファイルを調べる。 すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと… Continue reading
EnTAPでde novoアセンブルしたRNA-seqデータにアノテーション – 実データ編 Kim 2021年3月1日 2021年3月1日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, EnTAP 前回のインストールの記事からめちゃくちゃ時間が経ってしまった。サクッと続きとして実データでの稼働方法を記しておく。 このドキュメントをベースに。 Trinityでde novo assemble Trinityで最初に自分のRNA-seqデータをアセンブルしておく。Trinity以外でも別に問題はな… Continue reading
新しい博士課程支援制度の詳細 Kim 2021年2月26日 2021年6月11日その他 大学院, 博士課程, 学振 2021/06/11追記:次世代研究者挑戦的研究プログラムについて 学振DCの募集要項も出たことで、博士課程進学界隈は盛り上がっているようだが、新しい博士課程支援制度についても話が着々と進んでいる。 今回はその新しく公開された情報をもとに要点をまとめたい。 新しい博士課程支援制度はいつからか? 令和… Continue reading
学振DC、2022年度版でフォーマット大幅変更! – 変更点と対策 Kim 2021年2月13日 2022年2月3日その他 博士課程, 学振 2022/02/03 追記: 2023年度版も22年度から変更されていない。 本日2021年2月12日、日本学術振興会特別研究員DCの募集要項が出た。いわゆる「DC1」「DC2」の申請書の形式(フォーマット)が大幅に変更されている。 DC1に出す今年はじめての修士1年の学生は知らないと思うが、実は昨… Continue reading
【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読 Kim 2021年2月5日 2021年2月6日生物, 魚の陸上進化 陸上進化, ポリプテルス, ハイギョ, ゲノム ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra… Continue reading