Springer Nature が無料公開中 – バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3冊!

かのぼったくり出版社がこのご時世を鑑みて一部の教科書を無料公開している。 すべての本の目録についてはここからダウンロードできる バイオインフォ・進化生物学の教科書3選! バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3選! とかいいながら実際には3冊しか無いのでそれだけしか紹介できないのである。 それはとも…

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【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える

目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。 そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。 フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り…

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NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで

現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開…

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Windows上でUbuntu(WSL)を動かしたときにエンターキーで変な文字が入力される

問題点 こんな感じでWSLを起動して入力をし、Enterキーを押すと”^[[F”が入力されてしまう。 これによってパスワードなどの設定がうまくいかない。 解決方法 なぜかは不明だが、管理者権限で実行するとその問題が起こらない

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氷漬けマンモスのDNAから絶滅した原因を明らかに – 最後のマンモスは花の匂いを嗅げなかった?

2005年の愛・地球博でユカギルマンモスの展示を見たことがある。「ただ毛が生えたゾウだなあ」くらいにしか思わなかったが、マンモスは現在地球上に一頭も残っていない「過去の生物」である。 多くの文献では人間の狩猟によってその個体数を減らし、絶滅したと考えられている。しかし Wrangel 島にかつて生息…

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RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス

なんかラボのメーリングリストに有用な新しい論文とか流したりしているが、そもそもボス以外興味を示さない上、技術の話になると誰も反応がなくなることからこれからはこっちに書き留めておくこととする。 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barr…

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両生類は光る? – ほとんどの両生類は生体蛍光を示すことが明らかに

蛍光ペンで描いた絵を暗い部屋でブラックライトを照射すると光って見える。これを「蛍光」という。 生物にもこの蛍光を示す種が多く存在していることは昔から知られており、軟骨魚類(サメ)やウナギなどの海洋生物に多く存在することが知られていた。 陸上脊椎動物においては、紫外線下においてオウムやカメレオンなどが…

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RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする

RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール…

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ゲノム配列を使って生物全体の系統樹の全貌が明らかに!?~菌類と動植物の意外な関係

全生物のつながりを描く系統樹 系統樹とは「進化の道筋」を人間が見てわかりやすいようにグラフ化したものである。その生物がどの段階で分岐したのか、ということが一目で見てわかる大変便利なものである。 普段研究では「系統樹の推定」は種内、あるいは少し遠くの目レベル、遠くても脊椎動物内、というようにある程度の…

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卒論・修論作成に必須! Mendeley を使った参考文献リストの作り方

卒論・修論の季節真っ盛り。私が所属している研究室では「えっ? こんなに先輩引用文献書いてる!」「私引用文献20個超えたよ!」みたいな会話が飛び交う。引用文献の数で競ってもどうしようもないが、引用文献の無い論文は学術論文ではないし、引用文献が少ない論文は本当に先行研究を当たったのか怪しく思われる。 引…

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