FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う
2021/05/25 追記: Ubuntuでのインストール方法を更新 前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、こ…
博士後期課程への支援が令和3年度から”桁違いに”増える話
今日は朝から読売新聞の以下の記事でもちきりだった。 【独自】政府、博士課程１０００人に年２３０万円支援へ…先進分野の研究支援 政府は、博士課程に進学する大学院生に対し、支援を拡充する方針を固めた。先進分野を専攻する院生約１０００人に、生活費や研究費として１人あたり年２３０万円程度を支給する。 htt…
中立進化説をわかりやすく
木村資生（きむらもとお）が定式化した分子進化生物学で最も有名かつ基本的な概念、「中立進化説」についてざっくりと一般向けに解説を行う。 分子進化生物学における進化とは？ 遺伝子(あるいはゲノム)の塩基配列の変化、というのが進化を最も端的に表す言葉となる。ここでは簡単のため、タンパク質に翻訳される遺伝子…
【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】
今回論文を作成するにあたってggplot2を用いて有意差を示すアスタリスクとバーを含むきれいなグラフを作りたい、ということから勉強して作成した。 出来上がった図はこちら。 前回はライブラリ(ggplot2)を使わずに作成したが、以下のようなものだった。 ダサかったね。現時点で3000アクセス以上あっ…
大学院でラボを替えて学振DC1内定した話
学振DCが内定した人は「学振エントリ」を書くしきたりになっていることが知られている[要出典]。 私も無事学振DC1に内定したので、後輩に役立ちそうな情報でもネットの海に放流しておこうと思う。ほとんど自分語り。 プロフィール 修士入学前から博士課程進学を決める 学部の最中に自主研究でポリプテルスを扱っ…
ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする
ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス…
ラズパイ(Raspberry Pi)で複数のUSBカメラと水温計などのセンサを用いてSlack経由で水槽を監視する
先日の動物学会で、ラズパイでカメラを制御して云々という発表を見た。そこに”ラズパイおじさん”たちが募っていたのが面白かった。かくいう私も突っ込んだりとかしていたのだが、その中に「1台のラズパイで複数のカメラを制御できないか」という質問があった。 それに対して「USBカメラなら…
魚と両生類の間 – 現在生きている魚と比較して
私は魚と両生類の間でどのような進化が起きたのかを研究しているのだが、私と同じような興味を抱いている人間は一般の人にも多く、度々「魚の手足の起源！」「両生類に似た魚！」みたいな話がニュースサイトに取り上げられるたびにTwitterなどで少し話題になったりする。 最近だとNatureに掲載されたR…
カワスイ(川崎水族館)にオープン初日に行ってきた！ – 意外とマニア向け？
2022年3月4日 再訪記事を掲載 この記事は内容がだいぶ古いです。 今日、2020年7月17日に川崎駅 ルフロン内にオープンしたカワスイ(川崎水族館)に早速行ってきた。 川崎駅で降りたことはなかったが、結構大きな駅。ルフロンはJRの改札を出て少し歩いたところにあった。ルフロン内のフードコートでのん…
Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方
最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…
