MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04

今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし,最尤法を用いた系統樹推定を行いたい. タイトルにもある通り,今回はUbuntuを扱って解析を行う.mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので. 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900…

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ヒトと他の動物は交尾し、子孫を残せるのか

前のこういう記事、『なぜ動物の交尾はバックばかり?~魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで~』のアクセス数がなぜか伸びている中、同じく検索欄にも不穏な検索ワードが増えている。 “ヒトと動物 交尾” しばらくは見なかったことにしていた。 確かに世の中は広く、そういう性的嗜好の人間が…

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手足は切っても再生する? – 四肢再生機構の起源に迫る

2020/05/28 ポリプテルスのヒレ再生機構遺伝子に関する記述を追記 イモリの四肢は切断されても再生する 高校生物などで「イモリ」の手足やしっぽを切除するとしばらくして再生する,といった記載を教科書などで見たことがないだろうか. 実際にイモリやサンショウウオの手足を切断すると再生することが,多く…

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なぜ近親交配が禁じられるのか? – 近交係数の計算

2020/10/15 不適当な説明を修正2020/11/16 微妙な表現を修正 はじめに(人間のはなし) 日本に関わらず世界において,近親相姦・近親婚はタブー視されている. 例えば日本では,近親相姦や近親間での事実婚は法律上阻害されるようなことはないが,婚姻届を出すことができない.親子,きょうだい,…

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これからを見据え、博士課程進学はありなのか、なしなのか

はじめに 今回このような記事を書く背景として現在修士1年の私が「親に博士課程進学を渋られている」ということがある。「行くんでしょ」っていう大学における周りの流れ、そして親戚含め誰一人ストレートに博士課程に進学している人間がいないという温度差から、彼らを説得できるだけのメリットが博士課程に存在しうるの…

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なぜ「失われた生き物をよみがえらせる」プロジェクトはダメだと言われるのか

昨今,Twitterでは「失われた〇〇という生き物をよみがえらせるためにXXという地域から分譲してもらったので放ちました!」という記事に対して生物学者が総ツッコミを行うという寸劇が繰り返されている. 例えば,以下の新聞記事ではカジカガエルをよみがえらせようというもの. カジカガエル 美声よ再び 卵か…

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【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない

問題点 GPyでグラフをプロットしたとき,Dataのみはプロットされるものの,meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった. 解決法 入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる. 必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…

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