How to make a phylogenetic tree with Bootstrap values in RAxML?
この記事は日本語の記事があります(This article is available in Japanese)MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04 Problem After analyzing with RAxML, I wanted to …
MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04
今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし，最尤法を用いた系統樹推定を行いたい． タイトルにもある通り，今回はUbuntuを扱って解析を行う．mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので． 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900…
テロメア短縮率から種の寿命を予測できる
テロメアの短縮率と種の寿命に相関があるということがスペイン国立がん研究センターのグループによって明らかにされ、2019年7月23日、アメリカの科学雑誌 Proceedings of the National Academy of Sciences (通称:PNAS、プロナス)に論文が掲載された。 W…
ヒトと他の動物は交尾し、子孫を残せるのか
前のこういう記事、『なぜ動物の交尾はバックばかり？～魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで～』のアクセス数がなぜか伸びている中、同じく検索欄にも不穏な検索ワードが増えている。 “ヒトと動物 交尾” しばらくは見なかったことにしていた。 確かに世の中は広く、そういう性的嗜好の人間が…
最強の電圧を誇るデンキウナギの新種が発見される – 論文の詳細
今回はデンキウナギの種多様性に関する最新の論文を紹介する。2019年9月10日にNature communicationsに記載されたばかりの論文だ。 C. David de Santana et al.. “Unexpected species diversity in electri…
手足は切っても再生する？ – 四肢再生機構の起源に迫る
2020/05/28 ポリプテルスのヒレ再生機構遺伝子に関する記述を追記 イモリの四肢は切断されても再生する 高校生物などで「イモリ」の手足やしっぽを切除するとしばらくして再生する，といった記載を教科書などで見たことがないだろうか． 実際にイモリやサンショウウオの手足を切断すると再生することが，多く…
なぜ近親交配が禁じられるのか？ – 近交係数の計算
2020/10/15 不適当な説明を修正2020/11/16 微妙な表現を修正 はじめに(人間のはなし) 日本に関わらず世界において，近親相姦・近親婚はタブー視されている． 例えば日本では，近親相姦や近親間での事実婚は法律上阻害されるようなことはないが，婚姻届を出すことができない．親子，きょうだい，…
【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない
問題点 GPyでグラフをプロットしたとき，Dataのみはプロットされるものの，meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった． 解決法 入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる． 必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…
ポリプテルスを陸上で飼育する方法
はじめに 数年前，ポリプテルスが陸上飼育を長期間行うことで歩行パターンが変化し，胸鰭を支える骨格において可塑的な変化が生じるという論文が発表された． Standen, E. M., Du, T. Y., & Larsson, H. C. (2014). Developmental plast…
【Python】GPyでガウス過程回帰と予測をやってみる
はじめに ガウス過程回帰とは，線形回帰ではフィッティングできないようなものであってもより有効な非線形回帰モデルの1つである． 説明変数xを入力として，目的変数yを導き出す． 詳しい説明は以下の文献を参照して欲しい．(ぶっちゃけ私は詳しいガウス過程回帰の仕組みとかよくわかっていない．「こういうのがある…
