ゲノム中の反復配列を検出するソフト、REpeat Detector : Redの使い方 Kim 2021年8月23日 2021年8月26日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 反復配列, バイオインフォマティクス, ゲノミクス, トランスポゾン ゲノム中の反復配列、トランスポゾン等を検出するソフトは色々と開発されている。代表的なものにRepeat Maskerだったり、RepeatScout、WindowMasker、RepeatModeler等々ある。 それぞれライブラリをベースに検出を行ったり、あるいは denovo 法に基づいていたり… Continue reading
枝が長い系統樹の注意点 – Long Branch Attraction Kim 2021年7月9日 2021年7月9日分子進化(理論), 生物, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 進化生物学, 系統樹 分子系統樹を作成する時、特に何も考えずにツールに突っ込んで得られたデータの樹形を見ているということはないだろうか? 系統樹に関する既知の問題点として「Long branch attraction」という現象が古くから(50年くらい前)知られている。ロングブランチアトラクション、の日本語訳はまだ当てら… Continue reading
NovaseqやNextSeqのシーケンスデータにポリG配列(poly-G)が含まれる Kim 2021年6月14日 2021年6月14日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, fastp, FastQC 先日またRNA-seqを外注した。 FASTQCでクォリティチェックを行ったところ、以下のように、”Overrepresented sequences”に関する表示が出ていた。なにやら”GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG… Continue reading
Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時 Kim 2021年3月17日 2021年3月17日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, FeatureCounts FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。 BAMファイルを調べる。 すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと… Continue reading
EnTAPでde novoアセンブルしたRNA-seqデータにアノテーション – 実データ編 Kim 2021年3月1日 2021年3月1日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, EnTAP 前回のインストールの記事からめちゃくちゃ時間が経ってしまった。サクッと続きとして実データでの稼働方法を記しておく。 このドキュメントをベースに。 Trinityでde novo assemble Trinityで最初に自分のRNA-seqデータをアセンブルしておく。Trinity以外でも別に問題はな… Continue reading
FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う Kim 2020年12月26日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, FeatureCounts 2021/05/25 追記: Ubuntuでのインストール方法を更新 前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、こ… Continue reading
ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする Kim 2020年9月19日 2021年5月13日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, MAFFT, Jalview ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス… Continue reading
Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方 Kim 2020年7月6日 2020年7月9日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, Trinity 最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ… Continue reading
EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築 Kim 2020年6月28日 2021年3月1日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, EnTAP 今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 2020/07/20: 公式ドキュメントのリンクが変更されていたので貼り直した 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB スト… Continue reading
ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する Kim 2020年6月24日 2020年6月28日RNA-seq, バイオインフォマティクス RNA-seq, de novo アセンブリ, EnTAP, バイオインフォマティクス トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究… Continue reading