Springer Nature が無料公開中 – バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3冊! Kim 2020年4月30日 2020年6月27日その他 バイオインフォマティクス, 進化生物学 かのぼったくり出版社がこのご時世を鑑みて一部の教科書を無料公開している。 すべての本の目録についてはここからダウンロードできる バイオインフォ・進化生物学の教科書3選! バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3選! とかいいながら実際には3冊しか無いのでそれだけしか紹介できないのである。 それはとも… Continue reading
NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで Kim 2020年4月23日 2020年4月23日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI 現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開… Continue reading
RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス Kim 2020年3月22日 2020年12月26日RNA-seq, バイオインフォマティクス RNA-seq, バイオインフォマティクス 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinf… Continue reading
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする Kim 2020年2月26日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, マッピング RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール… Continue reading
脊椎動物ゲノムプロジェクト(Vertebrate Genome Project)について Kim 2020年1月17日 2020年4月13日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス 最近いくらゲノムを読む価格が下がったとはいえ、マニアックすぎるような生物(前に紹介したアシナシイモリのゲノムのように)が大量にNCBIやEnsembleに登録されるようになってきた。アミメウナギまで登録されており、誰がやってるんだと不思議に思っていた。 わーいやったぜ みたいなノリで使って、論文執筆… Continue reading
NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて Kim 2019年12月24日 2019年12月24日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの… Continue reading
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か Kim 2019年12月18日 2020年2月26日RNA-seq, バイオインフォマティクス マッピング, バイオインフォマティクス, RNA-seq, STAR, HISAT2 私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング… Continue reading
【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う Kim 2019年12月1日 2023年7月25日バイオインフォマティクス 配列解析, バイオインフォマティクス, FATE ※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り~ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説… Continue reading
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする Kim 2019年11月11日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, クォリティコントロール これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託… Continue reading
SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ Kim 2019年11月7日 2020年7月2日SRAtoolkit, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, SRA Toolkit, RNA-seq 前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な… Continue reading