バイオインフォマティクス – ページ 3

RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする

Kim 2020年2月26日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス

RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。参考: RNA-seqのマッピングツール…

脊椎動物ゲノムプロジェクト(Vertebrate Genome Project)について

Kim 2020年1月17日 2020年4月13日バイオインフォマティクス

最近いくらゲノムを読む価格が下がったとはいえ、マニアックすぎるような生物(前に紹介したアシナシイモリのゲノムのように)が大量にNCBIやEnsembleに登録されるようになってきた。アミメウナギまで登録されており、誰がやってるんだと不思議に思っていた。わーいやったぜ　みたいなノリで使って、論文執筆…

NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて

Kim 2019年12月24日 2019年12月24日バイオインフォマティクス, Python

NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの…

RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か

Kim 2019年12月18日 2020年2月26日RNA-seq, バイオインフォマティクス

私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…

【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う

Kim 2019年12月1日 2020年7月14日バイオインフォマティクス

※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り～ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説…

PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする

Kim 2019年11月11日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス

これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…

SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~

Kim 2019年11月7日 2020年7月2日SRAtoolkit, バイオインフォマティクス

前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…

How to make a phylogenetic tree with Bootstrap values in RAxML?

Kim 2019年10月19日 2019年10月19日バイオインフォマティクス

この記事は日本語の記事があります(This article is available in Japanese)MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04 Problem After analyzing with RAxML, I wanted to …