ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする Kim 2020年9月19日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, MAFFT, Jalview 0 ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス… Continue reading
Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方 Kim 2020年7月6日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, Trinity 0 最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ… Continue reading
EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築 Kim 2020年6月28日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, EnTAP 0 今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 2020/07/20: 公式ドキュメントのリンクが変更されていたので貼り直した 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB スト… Continue reading
ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する Kim 2020年6月24日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, de novo アセンブリ, EnTAP 0 トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究… Continue reading
Springer Nature が無料公開中 – バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3冊! Kim 2020年4月30日 2023年11月27日その他 バイオインフォマティクス, 進化生物学 0 かのぼったくり出版社がこのご時世を鑑みて一部の教科書を無料公開している。 すべての本の目録についてはここからダウンロードできる バイオインフォ・進化生物学の教科書3選! バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3選! とかいいながら実際には3冊しか無いのでそれだけしか紹介できないのである。 それはとも… Continue reading
NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで Kim 2020年4月23日 2023年11月27日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI 0 現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開… Continue reading
RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス Kim 2020年3月22日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq 0 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinf… Continue reading
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする Kim 2020年2月26日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス マッピング, バイオインフォマティクス, RNA-seq 1 RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール… Continue reading
脊椎動物ゲノムプロジェクト(Vertebrate Genome Project)について Kim 2020年1月17日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス 1 最近いくらゲノムを読む価格が下がったとはいえ、マニアックすぎるような生物(前に紹介したアシナシイモリのゲノムのように)が大量にNCBIやEnsembleに登録されるようになってきた。アミメウナギまで登録されており、誰がやってるんだと不思議に思っていた。 わーいやったぜ みたいなノリで使って、論文執筆… Continue reading
NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて Kim 2019年12月24日 2023年11月27日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI 0 NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの… Continue reading