Python for Biologists を終えて
バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。 現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。 以下のURLから購入することができる。 htt…
タグ: バイオインフォマティクス
SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~
はじめに(SRAとは) これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。 SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。というか、使わざるを得ない状況になってきている。 2020…
【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書
コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。 普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV codon_table.csv ・Python用コドン表辞書 codon_table = { ‘AUA’:’I’, ‘AUC’:’I’, ‘A…
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