Python for Biologists を終えて Kim 2018年10月6日 2018年11月30日バイオインフォマティクス Python, バイオインフォマティクス, 参考書, Python for biologists バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。 現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。 以下のURLから購入することができる。 htt… Continue reading
SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~ Kim 2018年9月26日 2020年4月28日SRAtoolkit, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノム解析, SRA, SRA Toolkit はじめに(SRAとは) これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。 SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。というか、使わざるを得ない状況になってきている。 2020… Continue reading
【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書 Kim 2018年9月18日 2018年11月11日バイオインフォマティクス, Python Python, パイソン, バイオインフォマティクス, 翻訳, コドン, コドン表, 辞書, CSV コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。 普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV codon_table.csv ・Python用コドン表辞書 codon_table = { ‘AUA’:’I’, ‘AUC’:’I’, ‘A… Continue reading