RepeatModelerでアノテーション出来ないTEを分類するcTENOR Kim 2024年10月1日 2024年10月1日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノム解析, ゲノム, ゲノムアノテーション 0 ヒトやマウスなどのモデル生物ではRepbaseなどのリピート配列やTE(トランスポゾン)配列などのアノテーションが充実している。一方で、新規にゲノムを決定する・した生物ではそれがそもそもされていない場合が多い。 de novoでライブラリを作成し、アノテーションするパイプラインのゴールドスタンダード… Continue reading
IBM ゲート型量子コンピュータを用いたmRNA二次構造の予測 Kim 2024年7月16日 2024年7月16日Qiskit, 量子計算, 量子コンピュータ, バイオインフォマティクス Qiskit, 量子回路, バイオインフォマティクス, 量子コンピュータ 0 近年量子コンピュータが注目されているが、応用先については「創薬」「金融」といった抽象的なものはよく取り上げられるが実際どの程度の具体的な事例に適用できるかについてはあまり耳にしないと思う。 今回はIBMとモデルナ(新型コロナウイルスのmRNAワクチンで有名になった会社)が実際に協働して量子コンピュー… Continue reading
生命科学における量子計算アプローチ Kim 2024年4月18日 2024年7月12日ゲノム解析, 量子コンピュータ, 量子計算, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 量子力学, 量子コンピュータ 0 今回は量子コンピュータが生命科学にどういう形でアプローチできるのか、最近(2022年)のレビューを通じて紹介したい。量子コンピュータに限らず、現在の動向を色々と抑えて書き留めたいと思う。 最近の計算生命科学(バイオインフォ)の動向 最近のバイオインフォマティクスの分野の発展は著しい。特にタンパク質の… Continue reading
Protein blast における ‘Positives’ はどんな意味か? Kim 2023年12月30日 2023年12月30日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, NCBI, アライメント, BLAST 0 tblastn、blastp をして結果を眺めて整理していたとき、あまり気にしていなかったが “Positives” というスコアがあることに気づいた。 そのとなりにある “Identities” はアライメントされたアミノ酸残基の完全一致率、数を示し… Continue reading
MyGene.info のAPIを叩いてみる Kim 2023年9月14日 2024年10月24日Web, ゲノム解析, IT, Python, バイオインフォマティクス, Python Web, ゲノミクス, Ensembl, Python, バイオインフォマティクス, NCBI 0 タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。 そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i… Continue reading
アフリカハイギョのシングルセルトランスクリプトームから魚の陸上適応を明らかにする Kim 2023年9月14日 2024年8月16日RNA-seq, 生物, 魚の陸上進化, バイオインフォマティクス ハイギョ, RNA-seq, scRNA-seq, バイオインフォマティクス, 陸上進化 0 ハイギョは現生魚類の中で最も陸上脊椎動物(両生類や有羊膜類など)に近い生物である。その名の通り肺を持っている魚である。エラも持っており、エラと肺、両方で呼吸ができる特殊な魚である(他にもポリプテルスなどが同様に肺とエラ両方持っている)。 また、一部のハイギョでは水が干上がった乾季などにおいては泥… Continue reading
GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する Kim 2023年7月18日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, GTF, GFF, ゲノムアノテーション 0 イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが… Continue reading
codemlのCodonFreqの選択について Kim 2022年11月11日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 配列解析, codeml, PAML, 淘汰圧解析 0 選択圧(淘汰圧)を解析するためにPAMLのcodemlがよく使われる。 いくつか日本語でも解説が書かれており、それに従って使っていることが多かったが、CodonFrequencyについての記述は日英共に解説が少ない。どうやって選択すべきか調べていたが、灯台もと暗しで知人がきちんと統計的なモデル選択の… Continue reading
bioawk で multiple FASTA の配列長を取得 Kim 2022年6月30日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, Linux, ゲノミクス 0 参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。 そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。 で、仮想環境上にインストール。 で、出力してくれる。 全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って… Continue reading
配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について Kim 2022年6月29日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ゲノム, ゲノミクス, KentUtils 0 バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ… Continue reading