GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する Kim 2023年7月18日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス GTF, GFF, ゲノムアノテーション, バイオインフォマティクス 0 イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが… Continue reading
ポリプテルスの寄生虫、ポリプティの駆除薬 Kim 2023年3月17日 2023年11月27日生物 ポリプテルス 0 研究室で飼育しているポリプテルスにポリプティ(種同定は行っていないが、他の魚への寄生が見られないことから)が発生した。 ネットで調べると「リフィッシュ」が良いとのことでリフィッシュを買おうとしたが2023年現在既に廃盤となり、入手困難である。今回は運良く近所の店に最後の1つがあったが、今は手に入らな… Continue reading
codemlのCodonFreqの選択について Kim 2022年11月11日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 配列解析, codeml, PAML, 淘汰圧解析 0 選択圧(淘汰圧)を解析するためにPAMLのcodemlがよく使われる。 いくつか日本語でも解説が書かれており、それに従って使っていることが多かったが、CodonFrequencyについての記述は日英共に解説が少ない。どうやって選択すべきか調べていたが、灯台もと暗しで知人がきちんと統計的なモデル選択の… Continue reading
NCBI のAPIで”API rate limit exceeded”と出る Kim 2022年10月25日 2023年11月27日バイオインフォマティクス NCBI, Web 0 NCBIのAPIでFASTAなどを取得するツールを作っているのだが、非同期処理を導入して大量に並列取得をしようとしたところ”API rate limit exceeded”とエラーが出ていることが判明した。 ググると以下のページのように、アクセス制限が存在することが明らかにな… Continue reading
bioawk で multiple FASTA の配列長を取得 Kim 2022年6月30日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, Linux, ゲノミクス 0 参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。 そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。 で、仮想環境上にインストール。 で、出力してくれる。 全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って… Continue reading
配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について Kim 2022年6月29日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス ゲノミクス, KentUtils, バイオインフォマティクス, ゲノム 0 バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ… Continue reading
FASTAのヘッダ(名前)の行だけ抽出 Kim 2022年5月28日 2023年11月27日バイオインフォマティクス 0 何度も忘れてググるので備忘録。 “”を忘れると、対象のファイルがおかしなことになる(消える)ので注意。 Continue reading
2年ぶり再訪! 進化したカワスイ Kim 2022年3月4日 2023年11月27日生物, 日記 水族館 0 以前カワスイ(川崎水族館)のオープン初日に行ったというレビューを書いた。後輩に「めちゃ書くやん」と言われて読み返すとたしかに……。しかも最後に「再訪する」と書きながらもなんやかんやで2年近くが経過してしまっていた。今回再び訪れる機会があったのでレビューをしたいと思う。 オープン初日は長蛇の列→空いて… Continue reading
学振とJST次世代等の助成金の確定申告 Kim 2022年2月3日 2023年11月27日その他 博士課程, 学振, 学振DC 0 毎年この季節になると確定申告でざわつくが、学振と今年度から始まった次世代研究者挑戦的研究プログラム(JST次世代)とでは確定申告や税に関する申告が異なるので要注意。 簡単に書き留めておく。 学振(日本学術振興会特別研究員DC1/2, PD) 雇用関係はないものの、しっかりと源泉徴収されている。給与所… Continue reading
脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か? Kim 2021年12月24日 2024年2月21日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, ハイギョ, RNA-seq, STAR, HISAT2, ゲノミクス 0 タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit… Continue reading