Springer Nature が無料公開中 – バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3冊! Kim 2020年4月30日 2020年6月27日その他 バイオインフォマティクス, 進化生物学 かのぼったくり出版社がこのご時世を鑑みて一部の教科書を無料公開している。 すべての本の目録についてはここからダウンロードできる バイオインフォ・進化生物学の教科書3選! バイオインフォ・進化生物学の教科書厳選3選! とかいいながら実際には3冊しか無いのでそれだけしか紹介できないのである。 それはとも… Continue reading
【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える Kim 2020年4月28日 2020年6月27日Web, IT, Python Python, Django, Web 目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。 そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。 フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り… Continue reading
NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで Kim 2020年4月23日 2020年4月23日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI 現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開… Continue reading
Windows上でUbuntu(WSL)を動かしたときにエンターキーで変な文字が入力される Kim 2020年4月13日 2020年4月13日環境設定, IT, Linux Ubuntu, Linux, WSL 問題点 こんな感じでWSLを起動して入力をし、Enterキーを押すと”^[[F”が入力されてしまう。 これによってパスワードなどの設定がうまくいかない。 解決方法 なぜかは不明だが、管理者権限で実行するとその問題が起こらない Continue reading
氷漬けマンモスのDNAから絶滅した原因を明らかに – 最後のマンモスは花の匂いを嗅げなかった? Kim 2020年3月27日 2020年3月27日生物 進化生物学, 生物学, 集団遺伝学, マンモス 2005年の愛・地球博でユカギルマンモスの展示を見たことがある。「ただ毛が生えたゾウだなあ」くらいにしか思わなかったが、マンモスは現在地球上に一頭も残っていない「過去の生物」である。 多くの文献では人間の狩猟によってその個体数を減らし、絶滅したと考えられている。しかし Wrangel 島にかつて生息… Continue reading
RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス Kim 2020年3月22日 2020年12月26日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinf… Continue reading
両生類は光る? – ほとんどの両生類は生体蛍光を示すことが明らかに Kim 2020年2月28日 2020年2月28日生物 生態学, 生物学, 両生類 蛍光ペンで描いた絵を暗い部屋でブラックライトを照射すると光って見える。これを「蛍光」という。 生物にもこの蛍光を示す種が多く存在していることは昔から知られており、軟骨魚類(サメ)やウナギなどの海洋生物に多く存在することが知られていた。 陸上脊椎動物においては、紫外線下においてオウムやカメレオンなどが… Continue reading
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする Kim 2020年2月26日 2020年4月30日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, マッピング RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール… Continue reading
ゲノム配列を使って生物全体の系統樹の全貌が明らかに!?~菌類と動植物の意外な関係 Kim 2020年2月25日 2020年6月16日生物 生物, 進化生物学, 系統樹 全生物のつながりを描く系統樹 系統樹とは「進化の道筋」を人間が見てわかりやすいようにグラフ化したものである。その生物がどの段階で分岐したのか、ということが一目で見てわかる大変便利なものである。 普段研究では「系統樹の推定」は種内、あるいは少し遠くの目レベル、遠くても脊椎動物内、というようにある程度の… Continue reading
卒論・修論作成に必須! Mendeley を使った参考文献リストの作り方 Kim 2020年1月18日 2020年10月7日IT, その他 Mendeley, 論文執筆 卒論・修論の季節真っ盛り。私が所属している研究室では「えっ? こんなに先輩引用文献書いてる!」「私引用文献20個超えたよ!」みたいな会話が飛び交う。引用文献の数で競ってもどうしようもないが、引用文献の無い論文は学術論文ではないし、引用文献が少ない論文は本当に先行研究を当たったのか怪しく思われる。 引… Continue reading