学振DC、2022年度版でフォーマット大幅変更! – 変更点と対策

本日2021年2月12日、日本学術振興会特別研究員DCの募集要項が出た。いわゆる「DC1」「DC2」の申請書の形式(フォーマット)が大幅に変更されている。 DC1に出す今年はじめての修士1年の学生は知らないと思うが、実は昨年度も結構フォーマットが変更されており、これまでの対策が微妙に使えないなどの問…

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【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読

ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…

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【R】ベクトル同士を比較して同じ要素が含まれているかを判定

手こずったので備忘録。 ある遺伝子IDとカウントデータが存在し、別の条件で遺伝子IDだけを絞り込んだデータフレームが存在した。 その絞り込んだ遺伝子IDが含まれるカウントデータデータフレームのレコードが必要だった。 最初はdf[df$geneid == df_another$geneid]とかでやっ…

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FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う

2021/05/25 追記: Ubuntuでのインストール方法を更新 前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、こ…

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博士後期課程への支援が令和3年度から”桁違いに”増える話

今日は朝から読売新聞の以下の記事でもちきりだった。 【独自】政府、博士課程1000人に年230万円支援へ…先進分野の研究支援 政府は、博士課程に進学する大学院生に対し、支援を拡充する方針を固めた。先進分野を専攻する院生約1000人に、生活費や研究費として1人あたり年230万円程度を支給する。 htt…

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中立進化説をわかりやすく

木村資生(きむらもとお)が定式化した分子進化生物学で最も有名かつ基本的な概念、「中立進化説」についてざっくりと一般向けに解説を行う。 分子進化生物学における進化とは? 遺伝子(あるいはゲノム)の塩基配列の変化、というのが進化を最も端的に表す言葉となる。ここでは簡単のため、タンパク質に翻訳される遺伝子…

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【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】

以前、学部生の頃に作成した記事である【R】2群間においてt検定を実行し,アスタリスク付きのグラフを表示する がこのサイトのアクセス数第4位を維持し続けている。(1位はカナヘビの飼い方、2位はなぜ動物の交尾はバックばかり?~魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで~、3位は【Python】scipy.sta…

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大学院でラボを替えて学振DC1内定した話

学振DCが内定した人は「学振エントリ」を書くしきたりになっていることが知られている[要出典]。 私も無事学振DC1に内定したので、後輩に役立ちそうな情報でもネットの海に放流しておこうと思う。ほとんど自分語り。 プロフィール M2 生命系(基礎生物・進化生物) 学部から大学院で別のラボ(大学)に変更 …

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ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする

ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス…

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