RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か

私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…

Continue reading

【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う

※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り~ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説…

Continue reading

京都工芸繊維大学のアルスが恋しい話

京都工芸繊維大学にある食堂、「アルス」ことふじかつが恋しい―― 今回の記事は本当にただの戯言なのだが、ふじかつが本当に好きだった。 京都工芸繊維大学出身で、学部の頃4年間そこでお世話になった。 生協の食堂に初めて入ったとき、「某大受験のときに食べたそれ」と同じじゃんって事に気づき、Twitterで見…

Continue reading

系統樹の見方をわかりやすく解説

マニアックな記事が続いているが、本サイトの目的の一つに「一般社会に向けた進化生物学啓蒙活動」があるので何か書いておこうと思いたち、今回は系統樹の読み方・見方について解説を行うことにした。 よく博物館などに行くと必ずと行っていいほど生物のパネルには「系統樹」による解説が存在する。 この系統樹というもの…

Continue reading

PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする

これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…

Continue reading

SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~

前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…

Continue reading

現生最古の両生類 アシナシイモリのゲノムが相次いで公開される

今年,2019年にはいって「アシナシイモリ」こと Caecilian のゲノムが相次いで3種も公開されている. これらは現在NCBI(National Center for Biotechnology Information)で利用可能な状態で公開されている. これまでの両生類ゲノムの惨状 これまで…

Continue reading

MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04

今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし,最尤法を用いた系統樹推定を行いたい. タイトルにもある通り,今回はUbuntuを扱って解析を行う.mac信者やWindowsユーザーはお帰り願いたい.他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので. 環境 環境は以下の通り Ryze…

Continue reading