SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~

前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…

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現生最古の両生類 アシナシイモリのゲノムが相次いで公開される

今年,2019年にはいって「アシナシイモリ」こと Caecilian のゲノムが相次いで3種も公開されている. これらは現在NCBI(National Center for Biotechnology Information)で利用可能な状態で公開されている. これまでの両生類ゲノムの惨状 これまで…

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MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04

今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし,最尤法を用いた系統樹推定を行いたい. タイトルにもある通り,今回はUbuntuを扱って解析を行う.mac信者やWindowsユーザーはお帰り願いたい.他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので.(私はカネがないのでmacは嫌いだ…

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ヒトと他の動物は交尾し、子孫を残せるのか

前のこういう記事、『なぜ動物の交尾はバックばかり?~魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで~』のアクセス数がなぜか伸びている中、同じく検索欄にも不穏な検索ワードが増えている。 “ヒトと動物 交尾” しばらくは見なかったことにしていた。 確かに世の中は広く、そういう性的嗜好の人間が…

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ブログで生活できそうか? – Google Adsense一時停止を経て

今現在の収益状況 昔からのこのブログの読者は(昔といっても開設は10ヶ月前だが)いつしかこのブログに広告が表示されるようになったことに気づいたであろう. そう,かの通りにくいことで有名なGoogle Adsenseの審査に通過して晴れて収益化されているのである.いわゆる”Youtuber…

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手足は切っても再生する? – 四肢再生機構の起源に迫る

イモリの四肢は切断されても再生する 高校生物などで「イモリ」の手足やしっぽを切除するとしばらくして再生する,といった記載を教科書などで見たことがないだろうか. 実際にイモリやサンショウウオの手足を切断すると再生することが,多くの研究により裏付けられている.そして我々ヒトへの応用を目的として日々精力的…

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なぜ近親交配が禁じられるのか? – 近交係数の計算

はじめに(人間のはなし) 日本に関わらず世界において,近親相姦・近親婚はタブー視されている. 例えば日本では,近親相姦や近親間での事実婚は法律上阻害されるようなことはないが,婚姻届を出すことができない.親子,きょうだい,”おじ”と”めい”などがそれに当…

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