進化生物学 – Kim Biology & Informatics

DNAの突然変異と量子効果について

Kim 2024年4月13日 2024年4月13日分子進化(理論), 生物 0

我が地球上の生命の進化の原動力はDNAの点突然変異によるものである。ではその突然変異はどのようにして引き起こされるのだろうか？　高校や学部生の教科書的には「DNA複製時に極めて低い確率で起こる」と書かれているが、直接的な要因について触れているものはない。 DNAの二重らせん構造を発見・提唱したワトソ…

「最も古い」現生動物は何か？― カイメンとクシクラゲ論争

Kim 2024年2月18日 2024年2月18日分子進化(理論), 生物 0

　色々と系統樹について勉強していく人はきっと「最も系統樹を遡っていった先にある生物はなんだろう？」と考えるだろう。生物全般についていえば、これはLUCA (The last universal common ancestor)と呼ばれる(仮説上の)生物にあたる。　すべての生物の共通祖先でなくとも、…

ハイギョの繭は生きた細胞で、外環境から身を守る

Kim 2021年12月20日 2024年8月16日生物, 魚の陸上進化 0

ハイギョは最も両生類に近い、現在生きている魚である。「生きた化石」とも呼ばれ、またその名の通り肺を持つ魚としても知られている。肺を持つ、ということは空気呼吸が可能であり、陸上で生活できることが知られている。実際、アフリカや南アメリカに生息するハイギョは陸上で生き延びることができ、乾季になると土…

枝が長い系統樹の注意点 – Long Branch Attraction

Kim 2021年7月9日 2023年11月27日分子進化(理論), 生物, バイオインフォマティクス 0

分子系統樹を作成する時、特に何も考えずにツールに突っ込んで得られたデータの樹形を見ているということはないだろうか？系統樹に関する既知の問題点として「Long branch attraction」という現象が古くから(50年くらい前)知られている。ロングブランチアトラクション、の日本語訳はまだ当てら…

外鰓とは何か？ – 進化的起源と役割

Kim 2021年3月19日 2023年11月27日生物, 魚の陸上進化 0

ウーパールーパーという両生類がいる。英名はアホロートルというのだが、日本では何故か「ウーパールーパー」と名付けられたというかわいそうな(かわいい)生物である。さて、動物園や水族館、そしてお父さんお母さん世代の人気者であったウーパールーパーの特徴はなんと言ってもその「外鰓」である。あのビラビラした顔…

【脊椎動物最大級】魚から両生類への進化を解明？ハイギョのゲノムがついに解読

Kim 2021年1月19日 2024年8月16日生物, 魚の陸上進化 0

英時間2021年1月18日にNatureにオーストラリアハイギョのゲノムが解読されたという内容の論文が発表された。 Meyer, A., Schloissnig, S., Franchini, P. et al. Giant lungfish genome elucidates …

中立進化説をわかりやすく

Kim 2020年11月16日 2023年11月27日分子進化(理論), 生物 0

木村資生（きむらもとお）が定式化した分子進化生物学で最も有名かつ基本的な概念、「中立進化説」についてざっくりと一般向けに解説を行う。分子進化生物学における進化とは？遺伝子(あるいはゲノム)の塩基配列の変化、というのが進化を最も端的に表す言葉となる。ここでは簡単のため、タンパク質に翻訳される遺伝子…

魚と両生類の間 – 現在生きている魚と比較して

Kim 2020年9月9日 2023年11月27日魚の陸上進化, 生物 0

私は魚と両生類の間でどのような進化が起きたのかを研究しているのだが、私と同じような興味を抱いている人間は一般の人にも多く、度々「魚の手足の起源！」「両生類に似た魚！」みたいな話がニュースサイトに取り上げられるたびにTwitterなどで少し話題になったりする。最近だとNatureに掲載された&#82…