あくあたんは生命ラボの生体管理に変革をもたらすか?

あくあたん工房のアドベントカレンダーの記事です。 私はあくあたん工房のメンバーではないのですが、招待されたので書いてみることにしました。 テーマは「あくあたんは生命ラボの生体管理に変革をもたらすか?」。 生命系のラボに属している私がラボにあくあたんを導入したらどうなのかということについて勝手に書きま…

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なぜ動物の性比は1:1なのか?- 個体ベースPythonシミュレーションで見る

さて,前回の話の続き. (なぜ動物の性比は1:1なのか?-フィッシャーの原理) 前回は”概念”的な話と数式を用いた解説を行った. それにより「両親から同じ数の遺伝子を受け継ぎ生涯性別が固定されている有性生殖をする動物」については性比がおおよそ1:1になることがわかっただろう.…

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【Python】Matplotlibで複数のグラフを一枚の画像で表示

環境 Jupyter Notebook 5.7.1 matplotlib 2.2.2   導入   研究で進化シミュレーションをしようと思い、ある適応度に関係するパラメーターの進化を見るモデルを用意した。 そこでそのパラメータ5つに対してそれぞれ実験を行い、100世代ごとの分布の…

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【R】2群間においてt検定を実行し,アスタリスク付きのグラフを表示する

1年前に自分用に作った2群間においてt検定を実行して棒グラフを作り,よくあるバーとアスタリスク(*)をつけるRプログラムを載せておく. これから卒論・修論の時期なので何か役に立つかもしれない.

上記を実行して関数を読み込ませた上で […

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【benchling】Webで実験ノートを取るサービスの使い方

 どんな生物系のラボでも実験ノートを取らないというラボはないだろう。  そしておそらく、十中八九紙のノートに頼っている。現にうちのラボがそうである。  ただ、徐々にプロトコルなどはパソコンで作って印刷して……みたいな移行は見られるが、完全にラボノートをパソコンにしたという話は聞かない。  作るとした…

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生命科学における主な配列データベース

2018/10/13 時点でのまとめ.先日GEAが登録開始したように追加があるので気が向いたら随時更新する予定.  これまで配列解析をする際にどの種類データがどのデータベースにあるかがはっきりわかっていなかったのでまとめ.  ここではデータベース=一次データベースとして扱う.一次データベースとは,研…

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Python for Biologists を終えて

 バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。  現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。  以下のURLから購入することができる。 htt…

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SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~

 これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。  SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。  というか、使わざるを得ない状況になってきている。  2018年現在、NCB…

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【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書

 コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。  普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV  codon_table.csv ・Python用コドン表辞書

 

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Courseraの機械学習を終えて

ずいぶんと修了してから時間が経ってしまったが、軽く書き留めておこうと思う。 先日の記事でやると言ったCourseraの機械学習の講座を今年4月(もう5ヶ月も前かよ)に終えた。 感想としては非常にわかりやすく、機械学習とはどういったものがあるかといったところから実装まできちんと解説がなされていたので最…

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