アフリカハイギョのシングルセルトランスクリプトームから魚の陸上適応を明らかにする
ハイギョは現生魚類の中で最も陸上脊椎動物(両生類や有羊膜類など)に近い生物である。その名の通り肺を持っている魚である。エラも持っており、エラと肺、両方で呼吸ができる特殊な魚である(他にもポリプテルスなどが同様に肺とエラ両方持っている)。 また、一部のハイギョでは水が干上がった乾季などにおいては泥…
カテゴリー: バイオインフォマティクス
遺伝研スパコンのジョブの終了状態を確認する
遺伝研スパコン(遺伝研スーパーコンピュータシステム)では、Grid Engine (SGE系)を採用している。この記事を読んでいる人(利用者)であれば、まず最初にqloginしろ、とか、ジョブを実行するときはスクリプトファイルをqsubしろ、とかを講習会などで最初に習うはずである。 無事終了する…
GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する
イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが…
codemlのCodonFreqの選択について
選択圧(淘汰圧)を解析するためにPAMLのcodemlがよく使われる。 いくつか日本語でも解説が書かれており、それに従って使っていることが多かったが、CodonFrequencyについての記述は日英共に解説が少ない。どうやって選択すべきか調べていたが、灯台もと暗しで知人がきちんと統計的なモデル選択の…
NCBI のAPIで”API rate limit exceeded”と出る
NCBIのAPIでFASTAなどを取得するツールを作っているのだが、非同期処理を導入して大量に並列取得をしようとしたところ”API rate limit exceeded”とエラーが出ていることが判明した。 ググると以下のページのように、アクセス制限が存在することが明らかにな…
bioawk で multiple FASTA の配列長を取得
参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。 そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。 で、仮想環境上にインストール。 で、出力してくれる。 全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って…
配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について
バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…
FASTAのヘッダ(名前)の行だけ抽出
脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か？
タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit…
LASTZで全ゲノムをアライメント
2022/06/30 Seqkit のソート項目を追記 lastzについての日本語ドキュメントが少ないので備忘録として。 lastzはWhole genomeレベルでのアライメントができるツールである。 結構古くからあり有名なのでこの辺の説明は割愛。今も開発が続いている。 ダウンロードとインストール…
遺伝研スパコンのジョブの終了状態を確認する
遺伝研スパコン(遺伝研スーパーコンピュータシステム)では、Grid Engine (SGE系)を採用している。この記事を読んでいる人(利用者)であれば、まず最初にqloginしろ、とか、ジョブを実行するときはスクリプトファイルをqsubしろ、とかを講習会などで最初に習うはずである。 無事終了する…
GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する
イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが…
codemlのCodonFreqの選択について
選択圧(淘汰圧)を解析するためにPAMLのcodemlがよく使われる。 いくつか日本語でも解説が書かれており、それに従って使っていることが多かったが、CodonFrequencyについての記述は日英共に解説が少ない。どうやって選択すべきか調べていたが、灯台もと暗しで知人がきちんと統計的なモデル選択の…
NCBI のAPIで”API rate limit exceeded”と出る
NCBIのAPIでFASTAなどを取得するツールを作っているのだが、非同期処理を導入して大量に並列取得をしようとしたところ”API rate limit exceeded”とエラーが出ていることが判明した。 ググると以下のページのように、アクセス制限が存在することが明らかにな…
bioawk で multiple FASTA の配列長を取得
参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。 そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。 で、仮想環境上にインストール。 で、出力してくれる。 全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って…
配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について
バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…
FASTAのヘッダ(名前)の行だけ抽出
脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か？
タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit…
LASTZで全ゲノムをアライメント
2022/06/30 Seqkit のソート項目を追記 lastzについての日本語ドキュメントが少ないので備忘録として。 lastzはWhole genomeレベルでのアライメントができるツールである。 結構古くからあり有名なのでこの辺の説明は割愛。今も開発が続いている。 ダウンロードとインストール…
