脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か?

タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit…

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LASTZで全ゲノムをアライメント

lastzについての日本語ドキュメントが少ないので備忘録として。 lastzはWhole genomeレベルでのアライメントができるツールである。 結構古くからあり有名なのでこの辺の説明は割愛。今も開発が続いている。 ダウンロードとインストール GitHubが公開されているが、リリース版はこちらから…

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TE配列の分類を行うDeepTEの使い方

最近は転移因子(TE、トランスポゾン)の話が連日続いているが、今回は前回の記事で紹介した機械学習によるTE分類ツールの1つ、DeepTE (Yan et al., 2020) を実際に使ってみる。 Yan, H., Bombarely, A., & Li, S. (2020). D…

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転移因子(TE)の分類ツール: ClassifyTE、DeepTE

転移因子(トランスポゾン、TE)はゲノムのある位置からある位置へと飛んでいくというDNA配列である。様々な真核生物においてゲノムに存在し、様々な役割を担っていたり、あるいは単純に「ジャンクDNA」であるようなものも存在する(最初はジャンクとして見られていたけど近年になって様々な役割が明らかにされてき…

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ゲノム中の反復配列を検出するソフト、REpeat Detector : Redの使い方

ゲノム中の反復配列、トランスポゾン等を検出するソフトは色々と開発されている。代表的なものにRepeat Maskerだったり、RepeatScout、WindowMasker、RepeatModeler等々ある。 それぞれライブラリをベースに検出を行ったり、あるいは denovo 法に基づいていたり…

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