DESeq2のインストール Kim 2020年5月27日 2020年6月27日RNA-seq, R, バイオインフォマティクス RNA-seq, R まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。 環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版 まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれな… Continue reading
RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス Kim 2020年3月22日 2020年12月26日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barrios, RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis, Bioinf… Continue reading
RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする Kim 2020年2月26日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, マッピング RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール… Continue reading
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か Kim 2019年12月18日 2020年2月26日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, STAR, HISAT2, マッピング 私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング… Continue reading
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする Kim 2019年11月11日 2021年5月25日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, クォリティコントロール これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託… Continue reading