RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする

RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール…

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RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か

私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…

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PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする

これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…

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