RaNA-seq – Salmonを使用した高速RNA-seq解析Webサービス

なんかラボのメーリングリストに有用な新しい論文とか流したりしているが、そもそもボス以外興味を示さない上、技術の話になると誰も反応がなくなることからこれからはこっちに書き留めておくこととする。 今回紹介するのはRaNA-seqというWebサービスだ。 Carlos Prieto, David Barr…

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RNA-seqデータをSTARでゲノムデータにマッピングする

RNA-seqのマッピングにはいろいろなものが開発されている。中でも有名なものがBowtie系、HISAT2、そしてSTARである。 現在主流なのはHISAT2とSTARであり、性能としてはSTARのほうが上であるが要求マシンスペックはSTARのほうが高い。 参考: RNA-seqのマッピングツール…

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RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か

私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…

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PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする

これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…

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