RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か
私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…
カテゴリー: バイオインフォマティクス
【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う
※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り～ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説…
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする
これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…
SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~
前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…
How to make a phylogenetic tree with Bootstrap values in RAxML?
この記事は日本語の記事があります(This article is available in Japanese)MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04 Problem After analyzing with RAxML, I wanted to …
MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04
今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし，最尤法を用いた系統樹推定を行いたい． タイトルにもある通り，今回はUbuntuを扱って解析を行う．mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので． 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900…
【BLAST】tblastnで Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options と出る
アホみたいなミスをして時間を溶かしたので万が一こんなエラーで悩んでいる一のための備忘録 問題点 makeblastdbでデータベースを作成後，クエリーとしてとあるmRNAの配列を用意し，tblastnにかけた． その結果，Could not calculate ungapped Karlin-Alt…
【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする
※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…
あくあたんは生命ラボの生体管理に変革をもたらすか？
あくあたん工房のアドベントカレンダーの記事です。 私はあくあたん工房のメンバーではないのですが、招待されたので書いてみることにしました。 テーマは「あくあたんは生命ラボの生体管理に変革をもたらすか？」。 生命系のラボに属している私がラボにあくあたんを導入したらどうなのかということについて勝手に書きま…
なぜ動物の性比は1:1なのか？- 個体ベースPythonシミュレーションで見る
さて，前回の話の続き． (なぜ動物の性比は1:1なのか？-フィッシャーの原理) 前回は”概念”的な話と数式を用いた解説を行った． それにより「両親から同じ数の遺伝子を受け継ぎ生涯性別が固定されている有性生殖をする動物」については性比がおおよそ1:1になることがわかっただろう．…
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