EnTAPでde novoアセンブルしたRNA-seqデータにアノテーション – 実データ編
前回のインストールの記事からめちゃくちゃ時間が経ってしまった。サクッと続きとして実データでの稼働方法を記しておく。 このドキュメントをベースに。 Trinityでde novo assemble Trinityで最初に自分のRNA-seqデータをアセンブルしておく。Trinity以外でも別に問題はな…
新しい博士課程支援制度の詳細
学振DCの募集要項も出たことで、博士課程進学界隈は盛り上がっているようだが、新しい博士課程支援制度についても話が着々と進んでいる。 今回はその新しく公開された情報をもとに要点をまとめたい。 新しい博士課程支援制度はいつからか？ 令和3年3月から令和10年3月までである。現在令和3年2月だが、今年度は…
学振DC、2022年度版でフォーマット大幅変更！ – 変更点と対策
本日2021年2月12日、日本学術振興会特別研究員DCの募集要項が出た。いわゆる「DC1」「DC2」の申請書の形式(フォーマット)が大幅に変更されている。 DC1に出す今年はじめての修士1年の学生は知らないと思うが、実は昨年度も結構フォーマットが変更されており、これまでの対策が微妙に使えないなどの問…
【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読
ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…
【脊椎動物最大級】魚から両生類への進化を解明？ ハイギョのゲノムがついに解読
英時間2021年1月18日にNatureにオーストラリアハイギョのゲノムが解読されたという内容の論文が発表された。 Meyer, A., Schloissnig, S., Franchini, P. et al. Giant lungfish genome elucidates …
【R】ベクトル同士を比較して同じ要素が含まれているかを判定
手こずったので備忘録。 ある遺伝子IDとカウントデータが存在し、別の条件で遺伝子IDだけを絞り込んだデータフレームが存在した。 その絞り込んだ遺伝子IDが含まれるカウントデータデータフレームのレコードが必要だった。 最初はdf[df$geneid == df_another$geneid]とかでやっ…
FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う
前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、これをIGVなどのゲノムブラウザに読み込ませてどこにリードが貼り付いてい…
博士後期課程への支援が令和3年度から”桁違いに”増える話
今日は朝から読売新聞の以下の記事でもちきりだった。 【独自】政府、博士課程１０００人に年２３０万円支援へ…先進分野の研究支援 政府は、博士課程に進学する大学院生に対し、支援を拡充する方針を固めた。先進分野を専攻する院生約１０００人に、生活費や研究費として１人あたり年２３０万円程度を支給する。 htt…
中立進化説をわかりやすく
木村資生（きむらもとお）が定式化した分子進化生物学で最も有名かつ基本的な概念、「中立進化説」についてざっくりと一般向けに解説を行う。 分子進化生物学における進化とは？ 遺伝子(あるいはゲノム)の塩基配列の変化、というのが進化を最も端的に表す言葉となる。ここでは簡単のため、タンパク質に翻訳される遺伝子…
【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】
以前、学部生の頃に作成した記事である【R】2群間においてt検定を実行し，アスタリスク付きのグラフを表示する がこのサイトのアクセス数第4位を維持し続けている。(1位はカナヘビの飼い方、2位はなぜ動物の交尾はバックばかり？～魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで～、3位は【Python】scipy.sta…
