脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か？
タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit…
ハイギョの繭は生きた細胞で、外環境から身を守る
ハイギョは最も両生類に近い、現在生きている魚である。 「生きた化石」とも呼ばれ、またその名の通り肺を持つ魚としても知られている。 肺を持つ、ということは空気呼吸が可能であり、陸上で生活できることが知られている。 実際、アフリカや南アメリカに生息するハイギョは陸上で生き延びることができ、乾季になると土…
LASTZで全ゲノムをアライメント
lastzについての日本語ドキュメントが少ないので備忘録として。 lastzはWhole genomeレベルでのアライメントができるツールである。 結構古くからあり有名なのでこの辺の説明は割愛。今も開発が続いている。 ダウンロードとインストール GitHubが公開されているが、リリース版はこちらから…
TE配列の分類を行うDeepTEの使い方
最近は転移因子(TE、トランスポゾン)の話が連日続いているが、今回は前回の記事で紹介した機械学習によるTE分類ツールの1つ、DeepTE (Yan et al., 2020) を実際に使ってみる。 Yan, H., Bombarely, A., & Li, S. (2020). D…
転移因子(TE)の分類ツール: ClassifyTE、DeepTE
転移因子(トランスポゾン、TE)はゲノムのある位置からある位置へと飛んでいくというDNA配列である。様々な真核生物においてゲノムに存在し、様々な役割を担っていたり、あるいは単純に「ジャンクDNA」であるようなものも存在する(最初はジャンクとして見られていたけど近年になって様々な役割が明らかにされてき…
ゲノム中の反復配列を検出するソフト、REpeat Detector : Redの使い方
ゲノム中の反復配列、トランスポゾン等を検出するソフトは色々と開発されている。代表的なものにRepeat Maskerだったり、RepeatScout、WindowMasker、RepeatModeler等々ある。 それぞれライブラリをベースに検出を行ったり、あるいは denovo 法に基づいていたり…
枝が長い系統樹の注意点 – Long Branch Attraction
分子系統樹を作成する時、特に何も考えずにツールに突っ込んで得られたデータの樹形を見ているということはないだろうか？ 系統樹に関する既知の問題点として「Long branch attraction」という現象が古くから(50年くらい前)知られている。ロングブランチアトラクション、の日本語訳はまだ当てら…
【レビュー】ニチペットAirを購入！ 軽さと可愛いデザインがGood
生物系、とりわけ分子生物学系のラボではマイクロピペットの存在は欠かせない。肌身離さずという人も少なくないのではないだろうか。 マイクロピペットは国内外様々なメーカーから発売されており、精度や大きさ、ストロークの深さ等々多種多様なラインナップが存在する。 以前の記事でも少し触れたことがあるが、私はそん…
NovaseqやNextSeqのシーケンスデータにポリG配列(poly-G)が含まれる
先日またRNA-seqを外注した。 FASTQCでクォリティチェックを行ったところ、以下のように、”Overrepresented sequences”に関する表示が出ていた。なにやら”GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG…
AWS S3のバケットポリシーで”aws:Referer”を加えるとアクセスできない
タイトルの通り。もう何時間も溶かした。今深夜の2時半で、ターミナルの文字が浮き出ているように見えるくらい疲れているが備忘録。 S3で特定のドメインからのみのアクセスを許可したい EC2上でWebアプリケーションが動いていて、S3上に動画ファイルが存在する。 Webブラウザを通してそのS3上にある動画…
