中立進化説をわかりやすく
木村資生（きむらもとお）が定式化した分子進化生物学で最も有名かつ基本的な概念、「中立進化説」についてざっくりと一般向けに解説を行う。 分子進化生物学における進化とは？ 遺伝子(あるいはゲノム)の塩基配列の変化、というのが進化を最も端的に表す言葉となる。ここでは簡単のため、タンパク質に翻訳される遺伝子…
【R】t検定を行い、有意差を示すアスタリスク付きのグラフを作成する【改】
以前、学部生の頃に作成した記事である【R】2群間においてt検定を実行し，アスタリスク付きのグラフを表示する がこのサイトのアクセス数第4位を維持し続けている。(1位はカナヘビの飼い方、2位はなぜ動物の交尾はバックばかり？～魚の妊娠の起源から陸上四肢動物まで～、3位は【Python】scipy.sta…
大学院でラボを替えて学振DC1内定した話
学振DCが内定した人は「学振エントリ」を書くしきたりになっていることが知られている[要出典]。 私も無事学振DC1に内定したので、後輩に役立ちそうな情報でもネットの海に放流しておこうと思う。ほとんど自分語り。 プロフィール M2 生命系(基礎生物・進化生物) 学部から大学院で別のラボ(大学)に変更 …
ab1形式のシーケンスデータをFASTAに変換してJalviewでアライメントとかする
ラボの人に訊かれたのでついでにメモとして。私自身はシーケンスに出したりはしないが、そういうこともあるかもしれないので。 某ラボでは某クスのソフトを使ってシーケンス結果を見ているようだが、結構お高い有料ソフトなもので普通ならみんな導入できない。 今回はフリーソフトのみを使用して、ab1形式のシーケンス…
ラズパイ(Raspberry Pi)で複数のUSBカメラと水温計などのセンサを用いてSlack経由で水槽を監視する
先日の動物学会で、ラズパイでカメラを制御して云々という発表を見た。そこに”ラズパイおじさん”たちが募っていたのが面白かった。かくいう私も突っ込んだりとかしていたのだが、その中に「1台のラズパイで複数のカメラを制御できないか」という質問があった。 それに対して「USBカメラなら…
魚と両生類の間 – 現在生きている魚と比較して
私は魚と両生類の間でどのような進化が起きたのかを研究しているのだが、私と同じような興味を抱いている人間は一般の人にも多く、度々「魚の手足の起源！」「両生類に似た魚！」みたいな話がニュースサイトに取り上げられるたびにTwitterなどで少し話題になったりする。 最近だとNatureに掲載されたR…
カワスイ(川崎水族館)にオープン初日に行ってきた！ – 意外とマニア向け？
今日、2020年7月17日に川崎駅 ルフロン内にオープンしたカワスイ(川崎水族館)に早速行ってきた。 川崎駅で降りたことはなかったが、結構大きな駅。ルフロンはJRの改札を出て少し歩いたところにあった。ルフロン内のフードコートでのんきに飯を食っていると、「現在入場規制中」との館内放送。やべっと思って駆…
Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方
最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…
マクロジェンにRNA-seqを委託した話とアダプター配列除去方法
今回はマクロジェンに委託したRNA-seqについての話。弊ラボではそこにRNA-seqを委託しているので、ラボメンに向けての備忘録も兼ねて。 シーケンスの状態 弊研究室ではRNAシーケンスをマクロジェンに委託している。シーケンサはNovaSeq6000で100bpもしくは150bpで読んでいる。相乗…
EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築
今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 2020/07/20: 公式ドキュメントのリンクが変更されていたので貼り直した 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB スト…
