ポリプテルスの寄生虫、ポリプティの駆除薬 Kim 2023年3月17日 2023年3月17日生物 ポリプテルス 研究室で飼育しているポリプテルスにポリプティ(種同定は行っていないが、他の魚への寄生が見られないことから)が発生した。 ネットで調べると「リフィッシュ」が良いとのことでリフィッシュを買おうとしたが2023年現在既に廃盤となり、入手困難である。今回は運良く近所の店に最後の1つがあったが、今は手に入らな… Continue reading
codemlのCodonFreqの選択について Kim 2022年11月11日 2022年11月11日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, 配列解析, codeml, PAML, 淘汰圧解析 選択圧(淘汰圧)を解析するためにPAMLのcodemlがよく使われる。 いくつか日本語でも解説が書かれており、それに従って使っていることが多かったが、CodonFrequencyについての記述は日英共に解説が少ない。どうやって選択すべきか調べていたが、灯台もと暗しで知人がきちんと統計的なモデル選択の… Continue reading
NCBI のAPIで”API rate limit exceeded”と出る Kim 2022年10月25日 2022年10月25日バイオインフォマティクス Web, NCBI NCBIのAPIでFASTAなどを取得するツールを作っているのだが、非同期処理を導入して大量に並列取得をしようとしたところ”API rate limit exceeded”とエラーが出ていることが判明した。 ググると以下のページのように、アクセス制限が存在することが明らかにな… Continue reading
bioawk で multiple FASTA の配列長を取得 Kim 2022年6月30日 2022年6月30日ゲノム解析, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, Linux, ゲノミクス 参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。 そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。 で、仮想環境上にインストール。 で、出力してくれる。 全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って… Continue reading
配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について Kim 2022年6月29日 2023年1月17日ゲノム解析, バイオインフォマティクス ゲノム, ゲノミクス, KentUtils, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ… Continue reading
FASTAのヘッダ(名前)の行だけ抽出 Kim 2022年5月28日 2023年5月1日バイオインフォマティクス 何度も忘れてググるので備忘録。 “”を忘れると、対象のファイルがおかしなことになる(消える)ので注意。 Continue reading
2年ぶり再訪! 進化したカワスイ Kim 2022年3月4日 2022年3月11日生物, 日記 水族館 以前カワスイ(川崎水族館)のオープン初日に行ったというレビューを書いた。後輩に「めちゃ書くやん」と言われて読み返すとたしかに……。しかも最後に「再訪する」と書きながらもなんやかんやで2年近くが経過してしまっていた。今回再び訪れる機会があったのでレビューをしたいと思う。 オープン初日は長蛇の列→空いて… Continue reading
学振とJST次世代等の助成金の確定申告 Kim 2022年2月3日 2022年2月3日その他 博士課程, 学振, 学振DC 毎年この季節になると確定申告でざわつくが、学振と今年度から始まった次世代研究者挑戦的研究プログラム(JST次世代)とでは確定申告や税に関する申告が異なるので要注意。 簡単に書き留めておく。 学振(日本学術振興会特別研究員DC1/2, PD) 雇用関係はないものの、しっかりと源泉徴収されている。給与所… Continue reading
脊椎動物最大ゲノムのハイギョのRNA-seq解析にはどの程度のスペックのパソコンが必要か? Kim 2021年12月24日 2021年12月24日RNA-seq, バイオインフォマティクス RNA-seq, STAR, HISAT2, ゲノミクス, バイオインフォマティクス, ハイギョ タイトルの通り。これからハイギョのRNA-seq解析などをしたいという稀有な研究者に向けたメモ。 BLAST 正直BLASTするだけならそこまでスペックはいらない。他のゲノムと比べると時間がかかるが、数コアでも十分可能。 STAR を用いた RNA-seq マッピング RNA-seqでもTrinit… Continue reading
ハイギョの繭は生きた細胞で、外環境から身を守る Kim 2021年12月20日 2021年12月20日生物, 魚の陸上進化 ハイギョ, 生物, 進化生物学, 陸上進化 ハイギョは最も両生類に近い、現在生きている魚である。 「生きた化石」とも呼ばれ、またその名の通り肺を持つ魚としても知られている。 肺を持つ、ということは空気呼吸が可能であり、陸上で生活できることが知られている。 実際、アフリカや南アメリカに生息するハイギョは陸上で生き延びることができ、乾季になると土… Continue reading