Trinity で複数のRNA-seqのデータをまとめてアセンブル + 出力データの見方
最近更新を続けているEnTAPでde novo assemble するRNA-seqデータにアノテーションをつけるプロジェクトの下準備編。 今回はTrinityでde novo アセンブルを行う。 2020/07/09 追記: 出力結果の見方を追記 目的と実行環境 複数のRNA-seqデータをマッピ…
マクロジェンにRNA-seqを委託した話とアダプター配列除去方法
今回はマクロジェンに委託したRNA-seqについての話。弊ラボではそこにRNA-seqを委託しているので、ラボメンに向けての備忘録も兼ねて。 シーケンスの状態 弊研究室ではRNAシーケンスをマクロジェンに委託している。シーケンサはNovaSeq6000で100bpもしくは150bpで読んでいる。相乗…
EnTAPでde novo アセンブルした非モデル生物のRNA-seqデータにアノテーション – インストールとデータベース構築
今回は実践編。実際にデータを使ってやってみる。 EnTAP自体については前回の記事を参照して欲しい。 動作環境 Ubuntu 20.04 LTS Ryzen9 3900X (12コア24スレッド) RAM 64GB ストレージ 1TB SSD 正直ストレージが心もとないが、移行やらなんやらは面倒くさ…
ENTAP: 非モデル生物のトランスクリプトームからアノテーション情報を追加する
トランスクリプトーム、とりわけRNA-seqはその組織で発現している遺伝子を定量したり、同定したり、あるいは何らかの条件によって発現量が変化するのを検出したりするのに便利な技術である。 最近は真核生物のゲノムが多く読まれるようになり、利用できるリソースは年々増えてきている。しかし、変わった生物を研究…
魚の陸上化で目が大きくなる？
今から約3億5000万年前、デボン紀の終わり頃に魚が陸上へと進出した。 魚が陸上へと進出するためには様々な準備が必要であった。例えば陸を這うための腕であったり、水の外でも呼吸できるような肺であったり、あるいはリン酸カルシウムからなる重たい鱗を捨てたりする必要があった。 現在、この魚の陸上進出がどのよ…
【django】django.db.utils.ProgrammingError: リレーション hogeはすでに存在しますの対処法
背景と問題点 djangoでmigrationがうまくいかず、以下のようなエラーで悩んでいた。 ググると結局migrationファイルを消せとしか出てこないのではーーーーーって気持ちで と、migrationsフォルダの__init__.py以外のファイル・フォルダをすべて抹消した。 それでmigr…
【HTML】video.js でHLSを配信するときに自動再生し、閲覧者にすべての操作を禁止させる
問題点 どうしてもストリーミング配信(HLS)を行う際にあらゆるプレーヤーの操作を禁止させたかった。 video.js を用いてHLSを配信を行い、HTMLファイルにvideoタグでそれを埋め込む。視聴者に一時停止や早送りなどの操作を一切させず、画面を読み込んだら自動的に再生が行われるような環境を作…
DESeq2のインストール
まっさらな状態のRにDESeq2をインストールする方法を書き留めておく。 環境はWindows10, R4.0.0, RSudio最新版 まず大原則として、RStudioを管理者権限で実行しなければ書き込み権限の都合上インストールがうまくいかなかった。おそらくインストール先を変えればいいのかもしれな…
全長3mの巨大ポリプテルス！？-「生きた化石」の全貌に迫る
「生きた化石」と聞いて何を思い浮かべるだろうか。最近大人気の任天堂ソフト「あつまれどうぶつの森」ではやはりシーラカンスが一時期人気を博していた。 しかし、しかしだ。 生きた化石はまだこの地球上に結構残っているのだ。「あつまれどうぶつの森」の中で絞ったとしてもシーラカンス以外にも存在する。そう、「ポリ…
bioRxivに投稿する方法・注意点
かねてより執筆していた論文がプレプリントサーバ「bioRxiv」で公開され、学振DC1の申請書も提出し、ようやく一息ついて記事の更新ができることとなった。 さて今回はそのbioRxivに論文を投稿したという話を少ししようかと。 bioRxivとは？ bioRxivというのは、プレプリントサーバ、つま…
