現時点における学振DCの税金関係

現時点(2021/03/22)。覚え書きとして。 計算が合っている前提だけど、結構かかる税金が抑えられるように設計されている印象。 前提 未婚、扶養者なし 親からの仕送りなし 他にバイトをしていない 純粋に学振DCの給料(という名の研究奨励金)だけ 研究遂行経費を申請している 計算 まず、年収。源泉…

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外鰓とは何か? – 進化的起源と役割

ウーパールーパーという両生類がいる。英名はアホロートルというのだが、日本では何故か「ウーパールーパー」と名付けられたというかわいそうな(かわいい)生物である。 さて、動物園や水族館、そしてお父さんお母さん世代の人気者であったウーパールーパーの特徴はなんと言ってもその「外鰓」である。あのビラビラした顔…

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Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時

FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。 BAMファイルを調べる。 すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと…

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EnTAPでde novoアセンブルしたRNA-seqデータにアノテーション – 実データ編

前回のインストールの記事からめちゃくちゃ時間が経ってしまった。サクッと続きとして実データでの稼働方法を記しておく。 このドキュメントをベースに。 Trinityでde novo assemble Trinityで最初に自分のRNA-seqデータをアセンブルしておく。Trinity以外でも別に問題はな…

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新しい博士課程支援制度の詳細

学振DCの募集要項も出たことで、博士課程進学界隈は盛り上がっているようだが、新しい博士課程支援制度についても話が着々と進んでいる。 今回はその新しく公開された情報をもとに要点をまとめたい。 新しい博士課程支援制度はいつからか? 令和3年3月から令和10年3月までである。現在令和3年2月だが、今年度は…

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学振DC、2022年度版でフォーマット大幅変更! – 変更点と対策

本日2021年2月12日、日本学術振興会特別研究員DCの募集要項が出た。いわゆる「DC1」「DC2」の申請書の形式(フォーマット)が大幅に変更されている。 DC1に出す今年はじめての修士1年の学生は知らないと思うが、実は昨年度も結構フォーマットが変更されており、これまでの対策が微妙に使えないなどの問…

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【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読

ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…

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【R】ベクトル同士を比較して同じ要素が含まれているかを判定

手こずったので備忘録。 ある遺伝子IDとカウントデータが存在し、別の条件で遺伝子IDだけを絞り込んだデータフレームが存在した。 その絞り込んだ遺伝子IDが含まれるカウントデータデータフレームのレコードが必要だった。 最初はdf[df$geneid == df_another$geneid]とかでやっ…

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FeatureCountsでマッピングしたペアエンドデータのカウントを行う

前回の話とのつながりとしては、STARでRNA-seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングしたという前提である。 さて、このマッピングしただけのデータ(SAMファイル)では統計的な解析に向かないという問題点がある。もちろん、これをIGVなどのゲノムブラウザに読み込ませてどこにリードが貼り付いてい…

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