RepeatModelerでアノテーション出来ないTEを分類するcTENOR

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ヒトやマウスなどのモデル生物ではRepbaseなどのリピート配列やTE(トランスポゾン)配列などのアノテーションが充実している。一方で、新規にゲノムを決定する・した生物ではそれがそもそもされていない場合が多い。 de novoでライブラリを作成し、アノテーションするパイプラインのゴールドスタンダード…

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「ゲノム丸ごと」生成できるAI(基盤モデル) Evo

Evo

昨今の基盤モデル(Foundation model)の発展は著しい。OpenAIのGPTを筆頭にして世界各国様々な企業や組織が基盤モデルへの投資を加速させている。 我々一般的研究者としてはChatGPTを始め、CopilotやGeminiなど身近なところでも利用できる、基盤モデルをもとにしたアプリケ…

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「最も古い」現生動物は何か?― カイメンとクシクラゲ論争

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 色々と系統樹について勉強していく人はきっと「最も系統樹を遡っていった先にある生物はなんだろう?」と考えるだろう。生物全般についていえば、これはLUCA (The last universal common ancestor)と呼ばれる(仮説上の)生物にあたる。  すべての生物の共通祖先でなくとも、…

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配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について

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バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。 通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…

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【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読

ポリプテルスセネガルス

ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…

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現生最古の両生類 アシナシイモリのゲノムが相次いで公開される

Epicrionops Sp

今年,2019年にはいって「アシナシイモリ」こと Caecilian のゲノムが相次いで3種も公開されている. これらは現在NCBI(National Center for Biotechnology Information)で利用可能な状態で公開されている. これまでの両生類ゲノムの惨状 これまで…

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