生命科学における主な配列データベース
2018/10/13 時点でのまとめ.先日GEAが登録開始したように追加があるので気が向いたら随時更新する予定. これまで配列解析をする際にどの種類データがどのデータベースにあるかがはっきりわかっていなかったのでまとめ. ここではデータベース=一次データベースとして扱う.一次データベースとは,研…
Python for Biologists を終えて
バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。 現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。 以下のURLから購入することができる。 htt…
他大学(外部)から東工大大学院に合格して ~面接と合格発表~
2018/09/29 初稿 2020/10/11 ページレイアウト変更、情勢の変化に伴い加筆修正 前回の続き。 面接前日は水族館を見たりしてからホテルへ。町田でホテルを取ったが、町田は正直バスがすごくわかりにくいので時間に余裕を持って出たほうが良い。 もし東工大(すずかけ台)行きのバスがどこかわから…
他大学(外部)から東工大大学院に合格して ~勉強法と参考書~
2018/09/28 初稿 2020/10/11 ページレイアウト変更、情勢の変化に伴い加筆修正 前回の続き。 傾向の変化への対策 曰くB日程は「筆記でほぼ全てが決まる」ということらしいので、勉強する他無い。勉強するに当たってまず「敵を知る」ことが重要となる。敵とはこの場合東工大の院試だ。その院試の…
他大学(外部)から東工大大学院に合格して ~出願や配点~
2020/10/11 ページレイアウト変更、時代の変化に伴い加筆修正 自己紹介 他大学から東工大の大学院に入ったという記事が他に少なく、なおかつ生命理工学系のものはなかったと記憶している。そのため、同じように外部から受験する学生に向けて私が知っている限りの情報を書き留めておこうと思う。 学部時代は関…
SRA Toolkitの使い方 ~ インストールと設定 ~
はじめに(SRAとは) これから何回かに分けて自分で学びながら忘備録としてSRA Toolkitの使い方を残しておこうと思う。 SRA(Sequence Read Archive)を解析する方法として、SRA Toolkitを使う方法がある。というか、使わざるを得ない状況になってきている。 2022…
【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書
コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。 普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV codon_table.csv ・Python用コドン表辞書 codon_table = { ‘AUA’:’I’, ‘AUC’:’I’, ‘A…
総合研究大学院大学に合格
昨日、総研大の合格発表が行われた。 私も総合研究大学院大学の生命科学研究科の某専攻に合格したのだが、まだあと1つ、東工大の結果を控えている。 試験の手応えはバッチリであった。 というよりかは受けた人全員バッチリであったはずだ。 現に当日の夜答え合わせを皆で集まってした時同じ答えが出揃ったか…
機械学習ぞめ
最近courseraのmachine-learningという講義を取り始めた． バイオインフォマティクスの勉強をやっていくうちに何かもっとゲノム全体で大きく広く解析が自動で行われないかと考えていたところ，最近流行りの機械学習やディープラーニング，AIという単語が脳裏に浮かんだ． 愚直ながらもそ…
○○ブロット(ブロッティング)まとめ
年末年始で帰省していた時に○○ブロットの話題になった． 自分でもはっきり理解していない気がしたので備忘録としてここに記しておく． サザンブロッティング(サザンブロット) DNAを同定する手法の1つである． まずゲル電気泳動でDNA断片を長さによって分ける．これによって塩基対数に応じてゲル上にスポ…
