ゲノム – Kim Biology & Informatics

VGP(脊椎動物ゲノムプロジェクト)のポリシー改定について

Kim 2024年11月2日 2024年11月2日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

背景近年の次世代、あるいはロングリードシーケンサなどの発展に伴い、生物のゲノム決定が容易になっている。NCBI Genomeなどを覗くと、実に様々なマイナーな生物までゲノムがChromosomeレベルで決定されているのを目にすることが多いだろう。高品質な脊椎動物のゲノムが多く登録されており、アノテ…

脊椎動物最大！ハイギョのゲノム決定 (ハイギョ解説)

Kim 2024年10月5日 2024年10月25日生物, 魚の陸上進化 2

2024年10月13日追記: イモリのゲノムについてハイギョという魚は、通常の魚と同様にエラ呼吸をすることに加え、肺呼吸することができる。我々は肺呼吸しかできないが、祖先をたどると、デボン紀頃、エラ呼吸だけをしていた魚から肺呼吸をする魚が出現した。現生の魚で肺呼吸を残しているのはハイギョという魚…

RepeatModelerでアノテーション出来ないTEを分類するcTENOR

Kim 2024年10月1日 2024年10月1日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

ヒトやマウスなどのモデル生物ではRepbaseなどのリピート配列やTE(トランスポゾン)配列などのアノテーションが充実している。一方で、新規にゲノムを決定する・した生物ではそれがそもそもされていない場合が多い。 de novoでライブラリを作成し、アノテーションするパイプラインのゴールドスタンダード…

「ゲノム丸ごと」生成できるAI(基盤モデル) Evo

Kim 2024年5月28日 2024年11月18日ゲノム解析, 生物, バイオインフォマティクス 1

2024年11月16日追記: 本論文は Science に掲載されました。OAではなく筆者は読めないので、最新の内容を知りたい方は本文を参照してください。また、本記事はメジャーリビジョンの前のbioRxivのv3に基づいて執筆しています。最近公開されたv4では図が新しくなっているので、もしアクセス…

「最も古い」現生動物は何か？― カイメンとクシクラゲ論争

Kim 2024年2月18日 2024年2月18日分子進化(理論), 生物 0

　色々と系統樹について勉強していく人はきっと「最も系統樹を遡っていった先にある生物はなんだろう？」と考えるだろう。生物全般についていえば、これはLUCA (The last universal common ancestor)と呼ばれる(仮説上の)生物にあたる。　すべての生物の共通祖先でなくとも、…

配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について

Kim 2022年6月29日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…

【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読

Kim 2021年2月5日 2023年11月27日生物, 魚の陸上進化 0

ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…