ゲノム – Kim Biology & Informatics

「ゲノム丸ごと」生成できるAI(基盤モデル) Evo

Kim 2024年5月28日 2024年5月28日ゲノム解析, 生物, バイオインフォマティクス 0

昨今の基盤モデル(Foundation model)の発展は著しい。OpenAIのGPTを筆頭にして世界各国様々な企業や組織が基盤モデルへの投資を加速させている。我々一般的研究者としてはChatGPTを始め、CopilotやGeminiなど身近なところでも利用できる、基盤モデルをもとにしたアプリケ…

「最も古い」現生動物は何か？― カイメンとクシクラゲ論争

Kim 2024年2月18日 2024年2月18日分子進化(理論), 生物 0

　色々と系統樹について勉強していく人はきっと「最も系統樹を遡っていった先にある生物はなんだろう？」と考えるだろう。生物全般についていえば、これはLUCA (The last universal common ancestor)と呼ばれる(仮説上の)生物にあたる。　すべての生物の共通祖先でなくとも、…

配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について

Kim 2022年6月29日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…

【速報】ポリプテルスとアフリカハイギョのゲノム解読

Kim 2021年2月5日 2023年11月27日生物, 魚の陸上進化 0

ポリプテルスゲノム 2021年2月4日付で、Cell誌にポリプテルス・セネガルス、アリゲーターガー、ヘラチョウザメ、アミア・カルヴァなどのいわゆる「下位条鰭類」「古代魚」のゲノムが解読されたという論文が掲載された。 Tracing the genetic footprints of vertebra…