ゲノム解析 – Kim Biology & Informatics

VGP(脊椎動物ゲノムプロジェクト)のポリシー改定について

Kim 2024年11月2日 2024年11月2日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

背景近年の次世代、あるいはロングリードシーケンサなどの発展に伴い、生物のゲノム決定が容易になっている。NCBI Genomeなどを覗くと、実に様々なマイナーな生物までゲノムがChromosomeレベルで決定されているのを目にすることが多いだろう。高品質な脊椎動物のゲノムが多く登録されており、アノテ…

RepeatModelerでアノテーション出来ないTEを分類するcTENOR

Kim 2024年10月1日 2024年10月1日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

ヒトやマウスなどのモデル生物ではRepbaseなどのリピート配列やTE(トランスポゾン)配列などのアノテーションが充実している。一方で、新規にゲノムを決定する・した生物ではそれがそもそもされていない場合が多い。 de novoでライブラリを作成し、アノテーションするパイプラインのゴールドスタンダード…

「ゲノム丸ごと」生成できるAI(基盤モデル) Evo

Kim 2024年5月28日 2024年11月18日ゲノム解析, 生物, バイオインフォマティクス 0

2024年11月16日追記: 本論文は Science に掲載されました。OAではなく筆者は読めないので、最新の内容を知りたい方は本文を参照してください。また、本記事はメジャーリビジョンの前のbioRxivのv3に基づいて執筆しています。最近公開されたv4では図が新しくなっているので、もしアクセス…

生命科学における量子計算アプローチ

Kim 2024年4月18日 2024年7月12日ゲノム解析, 量子コンピュータ, 量子計算, バイオインフォマティクス 0

今回は量子コンピュータが生命科学にどういう形でアプローチできるのか、最近(2022年)のレビューを通じて紹介したい。量子コンピュータに限らず、現在の動向を色々と抑えて書き留めたいと思う。最近の計算生命科学(バイオインフォ)の動向最近のバイオインフォマティクスの分野の発展は著しい。特にタンパク質の…

MyGene.info のAPIを叩いてみる

Kim 2023年9月14日 2024年10月24日Web, ゲノム解析, IT, Python, Python, バイオインフォマティクス 0

　タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。　そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i…

GFF/GTFアノテーションにIntron情報を追加する

Kim 2023年7月18日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

　イントロンの解析をする際に、既存のGFF/GTFのアノテーションファイルにIntron情報が入っていない場合がある。そうしたときにちまちまエキソン情報から計算してもいいが、便利なツールがいくつかあるので紹介する。 AGATを使う　これが現状一番オススメの方法。GFF/GTFの変換のために使ったが…

bioawk で multiple FASTA の配列長を取得

Kim 2022年6月30日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

参考: Sequence length from Fasta マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。で、仮想環境上にインストール。で、出力してくれる。全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞って…

配列解析におけるTwoBit File (2bit File) について

Kim 2022年6月29日 2023年11月27日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

バイオインフォマティクス関連で、稀にtwoBit file (2bit file) を使用する機会がある。通常、ゲノムファイルなどのシーケンスデータはFASTA形式で頒布されているが、一部において効率的・高速な解析のためにtwoBit fileと呼ばれる形式が使用される。 UCSCによると、「ゲノ…