Featurecountsで”Successfully assigned alignments : 0 (0.0%)”と出る時

FeatureCountsを使ってマッピングしたRNA-seqリードをカウントしようとした時、どうしても全てが「0」カウントで出力されることがあった。

BAMファイルを調べる。

$ samtools view Align.bam | less

すると、GFFファイルとはぜんぜん異なる染色体の番号が……よくよく元のSTARのパラメータを記したshファイルを読み返すと、少し前のバージョンのゲノムを指定していた。そのせいでファイル間で齟齬が生じていたのだ。

つまり、このようなエラー(Successfully assigned alignments : 0 (0.0%))が出る場合、まず染色体番号などを見返す必要がある。

結構ググるとそういった問題が報告されていた。