NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで

現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開…

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NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて

NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの…

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【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする

※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…

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なぜ動物の性比は1:1なのか?- 個体ベースPythonシミュレーションで見る

さて,前回の話の続き. (なぜ動物の性比は1:1なのか?-フィッシャーの原理) 前回は”概念”的な話と数式を用いた解説を行った. それにより「両親から同じ数の遺伝子を受け継ぎ生涯性別が固定されている有性生殖をする動物」については性比がおおよそ1:1になることがわかっただろう.…

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【Python】Matplotlibで複数のグラフを一枚の画像で表示

環境 Jupyter Notebook 5.7.1 matplotlib 2.2.2   導入   研究で進化シミュレーションをしようと思い、ある適応度に関係するパラメーターの進化を見るモデルを用意した。 そこでそのパラメータ5つに対してそれぞれ実験を行い、100世代ごとの分布の…

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【Python】mRNAからタンパク質に翻訳するための辞書

 コドン表のCSVやPython用辞書、ありそうで探した時ぱっと見当たらなかったので置いておく。  普段あまり使う機会はないと思うが、学習用に。 ・CSV  codon_table.csv ・Python用コドン表辞書

 

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