Python – Kim Biology & Informatics

ScipyでDunnettの検定をする

Kim 2024年1月29日 2024年10月24日IT, Python, バイオインフォマティクス, Python 0

　Scipyの最新バージョン(1.12.0)ではDunnettの検定が実装されている。Dunnett検定については別途調べてほしいが、多重検定のひとつだ。コントロールとなる群といくつかの実験群を比較し、検定する。　Scipyを使えば簡単にできる。以下は公式ドキュメントのサンプルの簡単な翻訳。この…

MyGene.info のAPIを叩いてみる

Kim 2023年9月14日 2024年10月24日ゲノム解析, Web, IT, Python, バイオインフォマティクス, Python 0

　タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。　そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i…

NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで

Kim 2020年4月23日 2023年11月27日Python, バイオインフォマティクス 0

現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開…

NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて

Kim 2019年12月24日 2023年11月27日バイオインフォマティクス, Python 0

NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの…

【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする

Kim 2019年4月25日 2020年1月22日IT, Python, Python 0

※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…