RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か
私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング…
投稿者: Kim
【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う
※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り～ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説…
京都工芸繊維大学のアルスが恋しい話
京都工芸繊維大学にある食堂、「アルス」ことふじかつが恋しい―― 今回の記事は本当にただの戯言なのだが、ふじかつが本当に好きだった。 京都工芸繊維大学出身で、学部の頃4年間そこでお世話になった。 生協の食堂に初めて入ったとき、「某大受験のときに食べたそれ」と同じじゃんって事に気づき、Twitterで見…
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する
OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築) OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込む これによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが…
系統樹の見方をわかりやすく解説
(2020/05/02: 無根系統樹およびその他記号の解説を追記) マニアックな記事が続いているが、本サイトの目的の一つに「一般社会に向けた進化生物学啓蒙活動」があるので何か書いておこうと思いたち、今回は系統樹の読み方・見方について解説を行うことにした。 よく博物館などに行くと必ずと行っていいほど生…
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする
これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託…
SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~
前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な…
現生最古の両生類 アシナシイモリのゲノムが相次いで公開される
今年，2019年にはいって「アシナシイモリ」こと Caecilian のゲノムが相次いで3種も公開されている． これらは現在NCBI(National Center for Biotechnology Information)で利用可能な状態で公開されている． これまでの両生類ゲノムの惨状 これまで…
How to make a phylogenetic tree with Bootstrap values in RAxML?
この記事は日本語の記事があります(This article is available in Japanese)MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04 Problem After analyzing with RAxML, I wanted to …
MAFFT→RAxML→FigTreeで遺伝子の系統樹を作成する – Ubuntu19.04
今回は複数種における複数の遺伝子の塩基配列をアラインメントし，最尤法を用いた系統樹推定を行いたい． タイトルにもある通り，今回はUbuntuを扱って解析を行う．mac等は他にTOGOTVなど色々解説しているところがあるので． 環境 環境は以下の通り Ryzen5 3400G (Ryzen9 3900…
