脊椎動物ゲノムプロジェクト(Vertebrate Genome Project)について Kim 2020年1月17日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス 1 最近いくらゲノムを読む価格が下がったとはいえ、マニアックすぎるような生物(前に紹介したアシナシイモリのゲノムのように)が大量にNCBIやEnsembleに登録されるようになってきた。アミメウナギまで登録されており、誰がやってるんだと不思議に思っていた。 わーいやったぜ みたいなノリで使って、論文執筆… Continue reading
地球上で一番長い精子を持つ動物は? – 知られざる交尾後の性選択 Kim 2020年1月6日 2023年11月27日生物 ショウジョウバエ, 性選択, 進化生物学 1 正月、ダラダラと論文を書くか書かないかしながらテレビを眺めていると、福山雅治と半沢直樹に出ていた役者の人(名前忘れた)が出演する動物に関する番組が放送されていた。 その中で「この鳥はなんとこんなに長い精子を持っていて動物最大!」ってフレコミで紹介していたのだが、実はそんなことないのでこの記事にまとめ… Continue reading
NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて Kim 2019年12月24日 2023年11月27日バイオインフォマティクス, Python Python, バイオインフォマティクス, NCBI 0 NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの… Continue reading
RNA-seqのマッピングツールはSTARかHISAT2か Kim 2019年12月18日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス マッピング, バイオインフォマティクス, RNA-seq, STAR, HISAT2 3 私はRNA-seqのリードのマッピングにSTARを使用しているのだが、ラボの私以外のメンバーはHISAT2を使用している。なんかHISAT2を使用している先輩の結果が「マッピング率が低い」という話だったので実際どの程度違いものなのか気になり、今回調べてまとめることとした。 RNA-seqのマッピング… Continue reading
【FATE】エキソン-イントロン構造を考慮してゲノムデータに対して配列類似性検索を行う Kim 2019年12月1日 2023年11月27日バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, FATE, 配列解析 2 ※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の1日目の記事です。何も考えず一番乗り~ってしてしまいましたがプログレス発表や期末レポートの締め切り等が重なって、非常に多忙な中書いた記事なので後日加筆・修正が入るかもしれません 2020/01/03 製作者ご本人からの解説… Continue reading
京都工芸繊維大学のアルスが恋しい話 Kim 2019年11月26日 2023年11月27日日記 日記 0 京都工芸繊維大学にある食堂、「アルス」ことふじかつが恋しい―― 今回の記事は本当にただの戯言なのだが、ふじかつが本当に好きだった。 京都工芸繊維大学出身で、学部の頃4年間そこでお世話になった。 生協の食堂に初めて入ったとき、「某大受験のときに食べたそれ」と同じじゃんって事に気づき、Twitterで見… Continue reading
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する Kim 2019年11月16日 2025年2月4日IT, Python openpose, Python 2 OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築) OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込む これによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが… Continue reading
系統樹の見方をわかりやすく解説 Kim 2019年11月12日 2023年11月27日生物 進化生物学, 生物学, 系統樹 2 (2020/05/02: 無根系統樹およびその他記号の解説を追記) マニアックな記事が続いているが、本サイトの目的の一つに「一般社会に向けた進化生物学啓蒙活動」があるので何か書いておこうと思いたち、今回は系統樹の読み方・見方について解説を行うことにした。 よく博物館などに行くと必ずと行っていいほど生… Continue reading
PRINSEQ++(plusplus)でRNA-seqのRAWデータのQC(クォリティコントロール)をする Kim 2019年11月11日 2023年11月27日RNA-seq, バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス, RNA-seq, クォリティコントロール 2 これまでの記事ではfastq-dumpを用いてNCBI上からRNA-seqのデータをダウンロードするなどの「データの入手」に焦点を当ててきた。 参考: SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ 今回の記事ではそれら、もしくは自分がRNA-seqに解析委託… Continue reading
SRA Toolkitの使い方 ~fastq-dumpでSRAファイルをダウンロード~ Kim 2019年11月7日 2023年11月27日SRAtoolkit, バイオインフォマティクス RNA-seq, バイオインフォマティクス, SRA Toolkit 3 前回のSRA toolkitの記事から結局一年近くが経ってしまった……実際にRNA-seq のデータ解析を始めようと思うのでこの際自分の備忘録および後輩たちへのドキュメントとして今回書き留めていこうと思う。 SRAファイルの中身を見る 結局今現在、SRAファイルはNCBIから直接ダウンロードは出来な… Continue reading