バイオインフォマティクスゲノム解析 bioawk で multiple FASTA の配列長を取得

bioawk で multiple FASTA の配列長を取得

マルチFASTA で、それぞれの配列の長さを出してほしい時がある。

そういったときに簡単に出力してくれるのがbioawkだ。

conda install bioawk

で、仮想環境上にインストール。

bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa

で、出力してくれる。

全部出すと長い場合、パイプで繋いでやって欲しい部分に絞ってやれば良い。

bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa | head -n 20<br>$ bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < input.fa | tail -n 20

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