NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて

NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの…

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【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない

問題点 GPyでグラフをプロットしたとき,Dataのみはプロットされるものの,meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった. 解決法 入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる. 必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…

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【Python】GPyでガウス過程回帰と予測をやってみる

はじめに ガウス過程回帰とは,線形回帰ではフィッティングできないようなものであってもより有効な非線形回帰モデルの1つである. 説明変数xを入力として,目的変数yを導き出す. 詳しい説明は以下の文献を参照して欲しい.(ぶっちゃけ私は詳しいガウス過程回帰の仕組みとかよくわかっていない.「こういうのがある…

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【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする

※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…

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【Python】scipy.statsを使って正規分布の累積分布関数をプロットする

あまり調べても出てこなかった上に,いちいちPython上でライブラリを使わず積分して求めるやり方とかが出てくるので覚え書きとして. 一般的に我々がよく目にする正規分布のあの釣鐘状のグラフは確率密度関数をプロットしたものである.それのプロットの仕方はそこら中に出回っているのでそちらを参照してほしい. …

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ラズパイとSlackで自宅水槽監視 – Pythonで自動投稿

前回の記事の続きであるので読んでない人は先にそちらを読むことをおすすめする. ラズパイとSlackで自宅水槽監視 – 初期設定   ラズパイ起動時に自動起動 Raspberry Piが起動したときにmotionを自動起動させたい. そこで/etc/rc.localをいじる. [crayon…

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なぜ動物の性比は1:1なのか?- 個体ベースPythonシミュレーションで見る

さて,前回の話の続き. (なぜ動物の性比は1:1なのか?-フィッシャーの原理) 前回は”概念”的な話と数式を用いた解説を行った. それにより「両親から同じ数の遺伝子を受け継ぎ生涯性別が固定されている有性生殖をする動物」については性比がおおよそ1:1になることがわかっただろう.…

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【Python】Matplotlibで複数のグラフを一枚の画像で表示

環境 Jupyter Notebook 5.7.1 matplotlib 2.2.2   導入   研究で進化シミュレーションをしようと思い、ある適応度に関係するパラメーターの進化を見るモデルを用意した。 そこでそのパラメータ5つに対してそれぞれ実験を行い、100世代ごとの分布の…

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Python for Biologists を終えて

 バイオインフォマティクス学習者向けのPythonの本として「Python for Biologists」という本がある。  現時点として日本語に翻訳はなされていないが、平易な英文で書かれているため、大学学部程度の学力があれば普通に読むことができる。  以下のURLから購入することができる。 htt…

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