ScipyでDunnettの検定をする
Scipyの最新バージョン(1.12.0)ではDunnettの検定が実装されている。Dunnett検定については別途調べてほしいが、多重検定のひとつだ。コントロールとなる群といくつかの実験群を比較し、検定する。 Scipyを使えば簡単にできる。以下は公式ドキュメントのサンプルの簡単な翻訳。 この…
タグ: Python
MyGene.info のAPIを叩いてみる
タンパク質のRefSeqID(NPやXPから始まるID)を大量に持っていて、それをPython上でなんとかGene symbolに変換できないかを模索していた。 そんなとき、MyGene.info というサービスを見つけた。あまり日本語のドキュメントがないので軽く紹介しておく。 MyGene.i…
ラズパイ(Raspberry Pi)で複数のUSBカメラと水温計などのセンサを用いてSlack経由で水槽を監視する
先日の動物学会で、ラズパイでカメラを制御して云々という発表を見た。そこに”ラズパイおじさん”たちが募っていたのが面白かった。かくいう私も突っ込んだりとかしていたのだが、その中に「1台のラズパイで複数のカメラを制御できないか」という質問があった。 それに対して「USBカメラなら…
【Django】Allauth のサインアップフォームとBootstrap4で見た目を整える
目的 Allauth を使ってサインアップフォームを作ったはいいが、うまくCSSを反映させることができなかった。 そこで今回はAllauth のフォームにBootstrap4を適応させて見た目を整える。 フォームの追加 Allauth のフォームは初期設定だとメールアドレス、パスワードのみだが、割り…
NCBI Gene の検索結果から一括で配列取得する方法 – Anaconda環境の導入・NCBI Geneの使い方から取得まで
現在在宅で研究をせざるを得ない状況下からか、このサイトのアクセス数が伸びている。 これを期にDRY解析を始めようと思っている人は、配列を自分で持っておらず、公開データベースを用いることが多くなると思うが、いちいち手動でFASTAファイルをダウンロードする方法はいささか効率が悪い。そこで今回は著者が開…
NCBI GeneIDからFASTAを一括自動ダウンロードするツールとNCBIのAPIについて
NCBI、よく使うのだがIDの重複がデータベース間で存在していたり、そもそもGeneIDを用いたデータベースをまたいだ検索ができないためストレスフルだった。数個ならいいのだが、今回は数十個あってさすがに1つ1つポチポチ手作業でやるのはバカのやることなのでツールを作ることにした。 NCBI Geneの…
OpenPoseのJSON形式をCSVに変換する
OpenPoseという人間の骨格を推定する機械学習ライブラリがある。 Ubuntu18.10にopenposeをインストール(環境構築) OpenPose for Unity で人の動きを二次元に落とし込む これによって例えばMMDで動かすためのVMDに変換するなどのソフトウエアパイプラインソフトが…
【Tips】GPyでグラフをプロットしたときmeanやconfidenceなどが表示されない
問題点 GPyでグラフをプロットしたとき，Dataのみはプロットされるものの，meanやconfidenceなどの線や範囲が表示されないことがあった． 解決法 入力するデータにNaN(欠損値)が含まれている場合そのようなことが起きる． 必ずすべてのNaN(欠損値)を除外した上でデータを渡さなければな…
【Python】GPyでガウス過程回帰と予測をやってみる
はじめに ガウス過程回帰とは，線形回帰ではフィッティングできないようなものであってもより有効な非線形回帰モデルの1つである． 説明変数xを入力として，目的変数yを導き出す． 詳しい説明は以下の文献を参照して欲しい．(ぶっちゃけ私は詳しいガウス過程回帰の仕組みとかよくわかっていない．「こういうのがある…
【Python & Anaconda】PythonコードをWindowsで動かせるexe形式にする
※今回はexe形式にするため、Windows上での動作確認のみを行います。また、GUIのAnacondaでのみ確認しています。Linux上でも(ほぼ)同様の手順で実行ファイルができます。 Pythonは3.7.3、pyinstallerは3.4 バイト先の会社で使うスクリプトをAnacondaで環境…
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