アライメント – Kim Biology & Informatics

Protein blast における ‘Positives’ はどんな意味か？

Kim 2023年12月30日 2023年12月30日バイオインフォマティクス 0

tblastn、blastp をして結果を眺めて整理していたとき、あまり気にしていなかったが “Positives” というスコアがあることに気づいた。そのとなりにある “Identities” はアライメントされたアミノ酸残基の完全一致率、数を示し…

LASTZで全ゲノムをアライメント

Kim 2021年10月21日 2025年2月4日ゲノム解析, バイオインフォマティクス 0

2022/06/30 Seqkit のソート項目を追記2025/02/04 最新版へのリンクへ修正 lastzについての日本語ドキュメントが少ないので備忘録として。 lastzはWhole genomeレベルでのアライメントができるツールである。結構古くからあり有名なのでこの辺の説明は割愛。今も開…